Módosítások

Debrecen2 GPU klaszter

11 543 bájt hozzáadva, 2015. június 15., 12:18
Új oldal, tartalma: „{| class="wikitable" border="1" |- | Klaszter | Debrecen2 (Leo) |- | Típus | HP |- | core / node | 10 × 2 Xeon E5-2680v2 2.80GHz |- | GPU / node | 2 × Nvidia …”
{| class="wikitable" border="1"
|-
| Klaszter
| Debrecen2 (Leo)
|-
| Típus
| HP
|-
| core / node
| 10 × 2 Xeon E5-2680v2 2.80GHz
|-
| GPU / node
| 2 × Nvidia K20
|-
| Compute node-ok
| 88 db
|-
| Max Walltime
| 7-00:00:00
|-
| Max szálak
| 140 (7db node)
|}

=== Belépés ===
<pre>
ssh USER@login.debrecen2.hpc.niif.hu
</pre>
Nem alapértelmezett kulcs használata esetén a <code>-i KULCS</code> kapcsolóval megadása szükséges (SSH és SCP parancsok).

=== Fájlok másolása SCP-vel ===
Letöltés a HOME könyvtárból és feltöltés a HOME könyvtárba:
<pre>
Fel: scp FILE USER@login.debrecen2.hpc.niif.hu:FILE
Le : scp USER@login.debrecen2.hpc.niif.hu:FILE FILE
</pre>

=== Adatszinkronizáció ===
Nagyobb fájlok ill. könyvtárstruktúrák szinkronizálásához a következő parancsokat kell használni
<pre>
Fel: rsync -a -e ssh DIRECTORY USER@login.debrecen2.hpc.niif.hu:/home/USER
Le : rsync -a -e ssh USER@login.debrecen2.hpc.niif.hu:/home/USER/DIRECTORY
</pre>
A törölt fájlok szinkronizálásához a <code>--delete</code> opciót kell megadni.

== Felhasználói felület ==
<pre>
rövid CWD
|
LEO[login] ~ (0)$
| | |
HPC állomás | |
rövid gép név |
előző parancs exit kódja
</pre>

=== Modul környezet ===
Az elérhető modulok listáját a következő paranccsal kapjuk meg:
<pre>
module avail
</pre>
a már betöltött modulok listáját:
<pre>
module list
</pre>
Alkalmazást a következő paranccsal tölthetünk be:
<pre>
module load APP
</pre>
A NIIF által beállított környezeti változókat <code>nce</code> parancs listázza ki.

=== Adatok megosztása projekt tagok számára ===
Fájlok ill. könyvtárak megosztásához ACL-eket kell beállítani. A HOME könyvtárat más felhasználó (OTHER) számára olvashatóvá, így tehetjük
<pre>
setfacl -m u:OTHER:rx $HOME
</pre>
Addott könyvtárat (DIRECTORY) írahtóvá:
<pre>
setfacl -m u:OTHER:rxw $HOME/DIRECTORY
</pre>
A kiterjesztett jogokat a következő paranccsal kérhetjük le:
<pre>
getfacl $HOME/DIRECTORY
</pre>

== Közös home könyvtár használata ==
A szuperszámítógépek login gépeit összekötő közös fájlrendszer a következő könyvtár alatt található:
<pre>
/mnt/fhgfs/home/$USER
</pre>
Biztonsági mentést a közös könyvtárba a következő paranccsal tudunk végezni:
<pre>
rsync -avuP --delete $HOME/DIRECTORY /mnt/fhgfs/home/$USER
</pre>

== SLURM ütemező használata ==
A szupergépen CPU óra (gépidő) alapú ütemezés működik. A felhasználóhoz tartozó Slurm projektek (Account) állapotáraól a következő parancs ad információt:
<pre>
sbalance
</pre>
A második oszlopban (Usage) az egyes felhasználók elhasznált gépideje, a negyeik oszlopban pedig a számla összesített gépideje látható. Az utolsó két oszlop a maximális (Account Limit) és a még alérhető (Available) gépidőről ad tájékoztatást.
<pre>
Scheduler Account Balance
---------- ----------- + ---------------- ----------- + ------------- -----------
User Usage | Account Usage | Account Limit Available (CPU hrs)
---------- ----------- + ---------------- ----------- + ------------- -----------
bob * 7 | foobar 7 | 1,000 993
alice 0 | foobar 7 | 1,000 993
</pre>

=== A gépidő becslése ===
Nagyüzemi (production) futtatások előtt gépidőbecslést érdemes végezni. Ehhez a következő parancs használható:
<pre>
sestimate -N NODES -t WALLTIME
</pre>
ahol a <code>NODES</code> a lefoglalni kívánt node-ok száma, a <code>WALLTIME</code> pedig a futás maximális ideje.

'''Fontos, hogy a lefoglalni kívánt gépidőt a lehető legpontosabban adjuk meg, mivel az ütemező ez alapján is rangsorolja a futtatásra váró feladatokat. Általában igaz, hogy a rövidebb job hamarabb sorra kerül. Érdemes minden futás idejét utólag az <code>sacct</code> paranccsal is ellenőrizni.'''

=== Állapotinformációk ===
Az ütemezőben lévő jobokról az <code>squeue</code>, a klaszter általános állapotáról az <code>sinfo</code> parancs ad tájékoztatást. Minden beküldött jobhoz egy egyedi azonosítószám (JOBID) rendelődik. Ennek ismeretében további információkat kérhetünk. Feladott vagy már futó job jellemzői:
<pre>
scontrol show job JOBID
</pre>

Minden job egy ún. számlázási adatbázisba (accounting) is bekerül. Ebből az adatbázisból visszakereshetők a lefuttatott feladatok jellemzői és erőforrás-felhasználás statisztikái. A részletes statisztikát a következő paranccsal tudjuk megnézni:
<pre>
sacct -l -j JOBID
</pre>

A felhasznált memóriáról a következő parancs ad tájékoztatást:
<pre>
smemory JOBID
</pre>

A lemezhasználatról pedig a
<pre>
sdisk JOBID
</pre>

==== Slurm figyelmeztető üzenetek ====
<pre>
Resources/AssociationResourceLimit - Erőforrásra vár
AssociationJobLimit/QOSJobLimit - Nincs elég CPU idő vagy a maximális CPU szám le van foglalva
Piority - Alacsony prioritás miatt várakozik
</pre>
Az utóbbi esetben, csőkkenteni kell a job által lefoglalni kívánt időt. Egy adott projekt részére maximálisan 512 CPU-n futhatnak jobok egy adott időben.

==== Licenszek ellenőrzése ====
Az elérhető és éppen használt licenszekről a következő parancs ad információt:
<pre>
slicenses
</pre>

==== Karbantartás ellenőrzése ====
A karbantartási időablakban az ütemező nem indít új jobokat, de beküldeni lehet. A karbantartások időpontjairól a következő parancs ad tájékoztatást:
<pre>
sreservations
</pre>

==== Összesített felhasználás ====
Egy hónapra visszamenőleg az elfogyasztott CPU perceket a következő paranccsal kérhetjük le:
<pre>
susage
</pre>

==== Teljes fogyasztás ====
Ha szeretnénk tájékozódni arról, hogy egy bizony idő óta mennyi a CPU idő felhasználásunk akkor azt ezzel paranccsal tudjuk lekérdezni:
<pre>
sreport -t Hours Cluster AccountUtilizationByUser Accounts=ACCOUNT Start=2015-01-01
</pre>

=== Feladatok futtatása ===
Alkalmazások futtatása a szupergépeken kötegelt (batch) üzemmódban lehetséges. Ez azt jelenti, hogy minden futtatáshoz egy job szkriptet kell elkészíteni, amely tartalmazza az igényelt erőforrások leírását és a futtatáshoz szükséges parancsokat. Az ütemező paramétereit (erőforrás igények) a <code>#SBATCH</code> direktívával kell megadni.

==== Kötelező paraméterek ====
A következő paramétereket minden esetben meg kell adni:
<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -A ACCOUNT
#SBATCH --job-name=NAME
#SBATCH --time=TIME
</pre>
ahol az <code>ACCOUNT</code> a terhelendő számla neve (elérhető számláinkről az <code>sbalance</code> parancs ad felvilágosítást), a <code>NAME</code> a job rövid neve, a <code>TIME</code> pedig a maximális walltime idő (<code>DD-HH:MM:SS</code>). A következő időformátumok használhatók:
"minutes", "minutes:seconds", "hours:minutes:seconds", "days-hours", "days-hours:minutes" és "days-hours:minutes:seconds".

==== GPU-k lefoglalása ====
A GPU-k lefoglalása a következő direktívával törénik:
<pre>
#SBATCH --gres=gpu:N
</pre>
Az <code>N</code> a GPU-k/node számát adja meg, ami 1 és 2 lehet maximum.

==== Job-ok indítása ====
A jobok feladását a következő parancs végzi:
<pre>
sbatch slurm.sh
</pre>

Sikeres feladás esetén a következő kimenetet kapjuk:
<pre>
Submitted batch job JOBID
</pre>
ahol a <code>JOBID</code> a feladat egyedi azonosítószáma.

A feladat leállítását a következő parancs végzi:
<pre>
scancel JOBID
</pre>

==== Nem újrainduló jobok ====
Nem újrainduló jobokhoz a következő direktívát kell használni:
<pre>
#SBATCH --no-requeue
</pre>

==== Feladat sorok ====
A szupergépeken két, egymást nem átfedő, sor (partíció) áll rendelkezésre, a <code>test</code> sor és a <code>prod</code> sor. Utóbbi az éles számolásokra való, előbbi fejlesztés és tesztelés céljára használható. A teszt sorban összesen 1 node-ot, maximum fél órára lehet lefoglalni. Az alapértelmezett sor a <code>prod</code>. A teszt partíciót a következő direktívával lehet kiválasztani:
<pre>
#SBATCH --partition=test
</pre>
A teszt partícióban 1 GPU található (<code>--gres=gpu:1</code>)

==== A szolgáltatás minősége (QOS) ====
A szolgáltatást alapértelmezett minősége <code>normal</code>, azaz nem megszakítható a futás.

===== Magas prioritás =====
A magas prioritású jobok maximum 24 óráig futhatnak, és kétszer gyorsabb időelszámolással rendelkeznek, cserébe az ütemező előreveszi ezeket a feladatokat.
<pre>
#SBATCH --qos=fast
</pre>

===== Alacsony prioritás =====
Lehetőség van alacsony prioritású jobok feladására is. Az ilyen feladatokat bármilyen normál prioritású job bármikor megszakíthatja, cserébe az elhasznált gépidő fele számlázódik csak. A megszakított jobok automatikusan újraütemeződnek. Fontos, hogy olyan feladatokat indítsunk alacsony prioritással, amelyek kibírják a véletlenszerű megszakításokat, rendszeresen elmentik az állapotukat (checkpoint) és ebből gyorsan újra tudnak indulni.
<pre>
#SBATCH --qos=lowpri
</pre>

==== Memória foglalás ====
Alapértelmezetten 1 CPU core-hoz 1000 MB memória van rendelve, ennél többet a következő direktívával igényelhetünk:
<pre>
#SBATCH --mem-per-cpu=MEMORY
</pre>
ahol <code>MEMORY</code> MB egységben van megadva. Budapesten és Szegeden a maximális memória/core 3000 MB.

==== Email értesítés ====
Levél küldése job állapotának változásakor (elindulás,leállás,hiba):
<pre>
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --mail-user=EMAIL
</pre>
ahol az <code>EMAIL</code> az értesítendő emial cím.

==== Tömbfeladatok (arrayjob) ====
Tömbfeladatokra akkor van szükségünk, egy szálon futó (soros) alkalmazást szeretnénk egyszerre sok példányban (más-más adatokkal) futtatni. A példányok számára az ütemező a <code>SLURM_ARRAY_TASK_ID</code> környezeti változóban tárolja az egyedi azonosítót. Ennek lekérdezésével lehet az arrayjob szálait elkülöníteni. A szálak kimenetei a <code>slurm-SLURM_ARRAY_JOB_ID-SLURM_ARRAY_TASK_ID.out</code> fájlokba íródnak. Az ütemező a feltöltést szoros pakolás szerint végzi. Ebben az esetben is érdemes a processzorszám többszörösének választani a szálak számát. [http://slurm.schedmd.com/job_array.html Bővebb ismertető]

<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -A ACCOUNT
#SBATCH --job-name=array
#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --array=1-96
srun envtest.sh
</pre>

==== Soros (serial) jobok ====
Több soros job futtatását a tömbfeladatokhoz hasonlóan kell indítani.
<pre>
#!/bin/bash

#SBATCH -A ACCOUNT
#SBATCH --job-name=serial
#SBATCH --time=24:30:00
#SBATCH -n 3
#SBATCH --partition=test
srun -n 1 program input1 &
srun -n 1 program input2 &
srun -n 1 program input3
wait
</pre>

==== OpenMPI feladatok ====
MPI feladatok esetén meg kell adnunk az egy node-on elinduló MPI processzek számát is (<code>#SBATCH --ntasks-per-node=</code>). A leggyakoribb esetben ez az egy node-ban található CPU core-ok száma. A párhuzamos programot az <code>mpirun</code> paranccsal kell indítani.
<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -A ACCOUNT
#SBATCH --job-name=mpi
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=20
#SBATCH --time=12:00:00
mpirun PROGRAM
</pre>

OpenMPI FAQ: http://www.open-mpi.org/faq
214
szerkesztés

Navigációs menü