142
szerkesztés
Módosítások
a
Az NIIF Intézet A KIFÜ szuperszámítógép szolgáltatása tudományos számítási feladatok futtatására, valamint tudományos célú adattárolásra szolgál. A jelenleg integrált szuperszámítógép-rendszer komponensei négy helyszínen találhatók:
{| class="wikitable" border="1" |- | Helyszín| Budapest| Budapest2| Szeged| Debrecen| Debrecen2| Pécs|- | Típus| HP CP4000BL| HP SL250s | HP CP4000BL| SGI ICE8400EX| HP SL250s| SGI UV 1000|- | CPU-k '''The support of [name of person/ node | 2| 2 | 4 | 2| 2 | 2 |- | Core-ok / CPU | 12| 10| 12| 6| 8| 6|- | Memória / node | 66 GB| 63 GB | 132 GB| 47 GB| 125 GB| 6 TB|- | Memória / core | 2.6 GB| 3 GB | 2.6 GB| 3.5 GB| 7.5 GB| 5 GB|- | CPU | AMD Opteron 6174 @ 2.2GHz| Intel Xeon E5-2680 v2 @ 2.80GHz | AMD Opteron 6174 @ 2.2GHz | Intel Xeon X5680 @ 3people] from KIFÜ, Hungary to the technical work is gratefully acknowledged.33 GHz'''
| Intel Xeon E5-2650 v2 @ 2.60GHz | Intel Xeon X7542 @ 2.66 GHz|- | GPU | -| 2 Nvidia K20x / node | 2 * 6 Nvidia M2070| -| 2 Nvidia K20x / node | -|- | Linpack speed | 5 Tflops| 32 Tflops| 20 Tflops| 18 Tlops| 197 Tflops| 10 Tflops== Hozzáférés a szuperszámítógépekhez ==
|- | Scheduler | [http://slurm.schedmd.com/ SLURM]| [http://slurm.schedmd.com/ SLURM] | [http://slurm.schedmd.com/ SLURM]| [http://slurm.schedmd.com/ SLURM]| [http://slurm.schedmd.com/ SLURM] | [http://slurm.schedmd.com/ SLURM] |- | MPI | OpenMPI A témában több videót is készítettünk, amelyek bemutatják a hozzáférés menetét (ompikulcsgenerálás és hozzáférés)| OpenMPI (ompi) | OpenMPI (ompi) | SGI MPT (mpt)| OpenMPI (ompi)| SGI MPT (mpt)|}és a filefeltöltés gyakorlati tutoriál keretében Windows operációs rendszeren.
=== Köszönetnyilvánítás ===Tudományos publikációkban a következő köszönetnyilvánítást javasoljuk* [http://videotorium.hu/hu/recordings/details/12290,Hozza_fe_re_s_a_HPC-hez_kezdo_le_pe_sek_elo_ada_s_e_s_demo_ Kezdő lépések (videó)]
'''We acknowledge * [PRACEhttp:/NIIF] for awarding us access to resource based in Hungary at [Budapest/Debrecenvideotorium.hu/hu/recordings/Pécsdetails/Szeged12307,A_HPC_felhaszna_la_s_gyakorlati_le_pe_sei_demo_.mp4 A HPC felhasználás gyakorlati lépései (videó)].'''
Where technical support has been received the following additional text should also be used:A fenti videók tartalmazhatnak elavult információkat pl. az ütemezővel kapcsolatban, a jelenlegi ütemező használatához külön videóanyagot ajánljunk.
'''The support of [name of person/people] from NIIF Institute, Hungary to the technical work is gratefully acknowledged.'''
== Hozzáférés a szuperszámítógépekhez ==
→Köszönetnyilvánítás
== A szuperszámítógépekről ==
* Debreceni Egyetem
* NIIFI KIFÜ központ
* Pécsi Tudományegyetem
* Szegedi Tudományegyetem
A tudományos számítási feladatok különböző típusainak minél szélesebb körű lefedettsége érdekében az egyes helyszíneken különböző felépítésű gépek találhatók: egy helyszínen SMP/ccNUMA, három helyszínen pedig "fat-node" fürtözött megoldás. Az alrendszereket az NIIFI a KIFÜ nagy sávszélességű, alacsony késleltetésű HBONE+ adathálózatán keresztül, ARC grid köztesréteg, valamint harmonizált felhasználói azonosítás segítségével integráljuk egységes elvek mentén elérhető számítási egységgé. Az erőforrás jelenleg Magyarország legnagyobb tudományos számítás céljára felhasználható erőforrása, amely összesen 50 billió lebegőpontos művelet elvégzését teszi lehetővé másodpercenként.A szuperszámítógép-rendszert az NIIFI a KIFÜ üzemelteti és fejleszti. A rendszerhez regisztrációt követően, minden olyan személy vagy kutatócsoport hozzáférhet, amely tagintézményi szerződéses kapcsolatban áll az NIIF Intézettela KIFÜ-vel.A gépen megtalálhatók és futtathatók a legkorszerűbb fejlesztőeszközök és tudományos számításra szolgáló alkalmazások, valamint, az NIIF a KIFÜ adatközpontban elhelyezett alrendszer kivételével, valamennyi alrendszer kiegészül a számítási feladatok eredményeit megjelenítő vizualizációs eszközökkel.
==== Magyar Szuperszámítógépek összehasonlítása =Köszönetnyilvánítás ===Tudományos publikációkban a következő köszönetnyilvánítást javasoljuk: '''We acknowledge KIFÜ for awarding us access to resource based in Hungary.''' Where technical support has been received the following additional text should also be used:
A szuperszámítógépekhez kulcsos SSH használatával lehet hozzáférni. Ajánlott UTF-8 képes terminált használ az ékezetes betűk megjeelenítése érdekében. PUTTY terminál esetén a ''Window/Translation'' beállítás alatt a character set-et kell UTF-8-ra állítani.
=== Adatok megosztása projekt tagok számára ===
Fájlok ill. könyvtárak megosztásához használjuk a [http://www.techrepublic.com/blog/linux-and-open-source/learn-to-use-extended-file-attributes-in-linux-to-boost-security/](fájlrendszer ACL-eket). Az ACL-ekkel a hagyományos unix engedélyeken felül finoman szabályozhatjuk a fájlok és könyvtárak hozzáférési engedélyeit. <span style="color:#ce1256"> Kérjük, hogy fokozottan figyeljenek arra, hogy a teljes <code>$HOME</code> könyvtárra sose adjanak "rwx" jogot más felhasználóknak, mivel pl. a <code>.ssh</code> mappa nagyon érzékeny a jogosultságokra, és a rendszer nem fogja beengedni legközelebb a felhasználót!</span> A következő példában a <code>$HOME/Shared</code> könyvtárat osztjuk egy munkatárs számára:
<pre>
# a home könyvtár beállítása
rsync -avuP --delete $HOME/data $NCE_SHARED
</pre>
== Alkalmazások lefordítása ==
Mindenkitől azt kérjük, hogy először próbálja meg saját maga lefordítani az alkalmazását. Ha ez valamilyen oknál fogva mégsem sikerülne, akkor következő lépésként a magyarországi szuperszámítógép felhasználóktól érdemes kérdezni, mert nagy esély van rá hogy mások is belefutottak ugyanabba a problémába. Ezen a címen lehet őket elérni: <code>hpc-forum kukac listserv.niif.hu</code>. Feliratkozni [https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum itt lehet erre] a levelezőlistára. Az archívumban is érdemes utánanézni a kérdésnek. A KIFÜ HPC support csak igen korlátozottan képes egyéni fordítási kérésekkel foglalkozni, de problémával felkeresheti a <code>hpc-support kukac niif.hu</code> címet. Az utóbbi esetben pár napos türelmüket mindenképp kérjük válaszunkig.
== SLURM ütemező használata ==
Weboldal: http://slurm.schedmd.com A SLURM ütemező bemutatása: * [http://videotorium.hu/hu/recordings/details/6122,A_slurm_HPC_utemezo Slurm HPC ütemező]
A szupergépeken CPU óra (gépidő) alapú ütemezés működik. Ez azt jelenti, hogy a fogyasztási időtartamra (hónap) az elérhető maximális gépidő fel van osztva a felhasználók között. Minden UNIX felhasználó egy vagy több számlához (''Account'') tartozhat. Az ütemező számla egy adott HPC-s projekthez tartozik, hasonló a UNIX csoporthoz. Szupergépes feladatokat csak az egyes számlák terhére lehet indítani. A CPU óra az elhasznált idő (''Walltime'') és az igényelt processzorok számának szorzata. Például a budapesti gépen 2 db node (48 processzor mag) foglalása 30 percre 48 * 30 = 1440 CPU perc = 24 CPU óra. A CPU órát az ütemező a futás kezdetétől a befejezésig méri.
</pre>
==== SGI ccNUMA UV SMP 1000 (Pécs) ====
A pécsi gépen legalább 6 szálon működő jobok futtatása lehetságes. Az egyetlen elfogadott paraméter a szálak szám (`-n`), amelynek 6 többszörösének kell lenni. Ezen a gépen nincs teszt sor. Kérjük, hogy 48-nál kevesebb szálon futó programokat az UV-n ne futtassanak! Egy szálú ill. array jobok futtatása nem lehetséges.
OpenMP párhuzamos alkalmazásokhoz maximum 1 node-ot lehet lefoglalni. Az OMP szálák számát az <code>OMP_NUM_THREADS</code> környezeti változóval kell megadni. A változót vagy az alkamazás elé kell írni (ld. példa), vagy exportálni kell az indító parancs előtt:
<code>
export OMP_NUM_THREADS=2410
</code>
A következő példában egy taskhoz 24 10 CPUcore-t rendeltunk, a 24 10 CPUcore-nak egy node-on kell lennie. A CPUcore-k ok számát a <code>
SLURM_CPUS_PER_TASK</code> változó tartalmazza, és ez állítja be az OMP szálak számát is.
Alice felhasználó a foobar számla terhére, maximum 6 órára indít el egy 24 10 szálas OMP alkalmazást.
<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH --time=06:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=2410
OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK ./a.out
</pre>
Az SLCS másik nagy előnye az egyszerűsített igénylésen kívül az, hogy 1 órán belül az összes szuperszámítógépen automatikusan engedélyezve lesz. Viszont ha nem szeretnénk minden második héten új X.509-es tanúsítványt igényelni, akkor lehetőség van arra is, hogy 1 évig érvényes [https://www.igtf.net IGTF] tanúsítványt igényeljünk az NIIF Intézettől a KIFÜ-től [http://www.ca.niif.hu/hu/igenyles ezen az oldal keresztül]. Ebben az esetben a [mailto:hpc-support@niif.hu] címre kell elküldenünk az IGTF-es tanúsítványunk publikus részét és meg kell adnunk, hogy melyik témaszámunkhoz legyen majd rendelve a szuperszámítógépeken.
=== ARC kliensek használatba vétele ===
Redhat alapú rendszerek esetén:
yum install nordugrid-arc-client
OSX csomag telepítése [http://brew.sh brew] segítségével:
brew install nordugrid-arc
Ha nem találtunk megfelelő csomagot, akkor [http://download.nordugrid.org/packages/nordugrid-arc/releases/5.0.0/src/nordugrid-arc-5.0.0.tar.gz innen] le tudjuk tölteni a forráskódját és le tudjuk fordítani.
