214
szerkesztés
Módosítások
nincs szerkesztési összefoglaló
<tt>$HOME/shf3/key/ssh</tt> könyvtár alatt találjuk: privát kulcs: <tt><MID>.sec</tt>, publikus kulcs: <tt><MID>.pub</tt>. A publikus részt kell eljuttatni a távoli gépre ill. elküldeni a regisztráció során. Ha vannak már kulcsaink, akkor ebbe a könyvtárba kell másolni az előbb említett nevekkel. Az SSH MID-ek a <tt>$HOME/shf3/mid/ssh</tt> könyvtár alatt vannak a <tt><MID></tt> nevű fájlokban. Minden SSH-val kapcsolatos parancs ezekt a fájlokat olvassa és használja a kulcsokat, ha elérhetők.
== SGI UV Pécs ==A budapesti gép példáján bemutatom hogyan pécsi gépen csak SMP vagy MPI programok futtatása engedélyezett. Minimálisan 12 szálat lehet lefoglalni. A foglalás alapegysége a numa node, ami 2x6 processzort és 60GB memóriát tartalmaz. Érdemes 12 többszörösével számolni a lefoglalalndó szálakat, pl.: 12, 24, 48, 96... Ha 2 hatványaira van szükségünk, akkor az SGE foglalást a legközelebbi 12-es szálszámmal kérjük, és az MPI-t vagy az OMP paraméterezzük 2^n szerint. Az alapértelmezett MPI könyvtár az SGI MPT. Ez a könyvtár biztosítja a legjobb teljesítményt az UV gépen. A felhasználói programokat ehhez a könyvtárhoz kell használni fordítani. === MPI SGE job szkript példa ===<source lang="bash"> #!/bin/bash ### SGE #$ -N MPITEST # 12 órás walltime limit #$ -l h_rt=12:00:00 # 384 szál lefoglalása az # mpi párhuzamos környezetben #$ -pe mpi 384 # az uv.q sor használatával #$ -q uv.q # a keretrendszert standard kimenet ide íródik #$ -o StdOut # a hibakimenet ide íródik #$ -e StdErr # a jelenlegi shell környezet exportálódik #$ -V ### NUMA # az StdOut-ba írja a numa node információt numactl --show ### OMP # OMP beállítások export OMP_NUM_THREADS=1 ### MPI # MPI beállítások export MPI_MEMMAP_OFF=1 # saját gépünkönszkript vagy az mpirun közvetlen meghívás # 384 MPI szál fog elindulni mpirun 384 dplace -s 1 <APP></source>Az `<APP>` helyére kell írni a futtatandó programot és paramétereit. A `dplace` egy SGI előtétprogram, ami az MPI szálak ideális CPU elosztását végzi, megadása javasolt, mert általában javítja a teljesítményt. === OMP SGE job szkript példa ===<source lang="bash"> #!/bin/bash ### SGE #$ -N OMPTEST # 12 órás walltime limit #$ -l h_rt=12:00:00 # 192 szál lefoglalása az # openmp párhuzamos környezetben #$ -pe openmp 192 # az uv.q sor használatával #$ -q uv.q # a standard kimenet ide íródik #$ -o StdOut # a hibakimenet ide íródik #$ -e StdErr # a jelenlegi shell környezet exportálódik #$ -V ### NUMA # az StdOut-ba írja a numa node információt numactl --show ### OMP # OMP beállítások export OMP_NUM_THREADS=192 omplace <APP></source>Az `omplace` egy SGI előtétprogram, ami az MPI szálak ideális CPU elosztását végzi, megadása javasolt, mert általában javítja a teljesítményt.
[[Category: HPC]]
[[Category: HOWTO]]
