Módosítások

NIIF szuperszámítógépek használata

580 bájt hozzáadva, 2013. április 3., 10:30
nincs szerkesztési összefoglaló
Az NIIF Intézet jelenleg négy, adathálózaton keresztül összekötött szuperszámítógéppel rendelkezik. Ezek egyike, egy HP cluster található az NIIF központban. Egy SGI Ultra Violet erőforrást == Hozzáférés a Pécsi Tudományegyetemen, egy SGI ICE clustert a Debreceni Egyetemen, illetve egy HP clustert a Szegedi Tudományegyetemen helyeztünk el. Az erőforrásokhoz való hozzáférés szuperszámítógépekhez == A szuperszámítógépekhez kulcsos azonosítást használó SSH parancssori felület, valamint grid köztesréteg segítségével lehetségeshasználatával lehet hozzáférni.
Általános hozzáférési szabály az, hogy a számítást végző csomópontokhoz (compute node) === Hozzáférés a felhasználók nem férhetnek közvetlenül hozzá. Minden helyszínen üzembe helyeztünk Shell Framework használatával ===A Shell Framework egy ún. előtét szervert (frontend)összetett Bash alapú keretrendszer, amelyre ami kifejezetten a HPC felhasználók belépnek, azon fordítanak, igényei alapján lett kifejlesztve. Jelentősen egyszerűsíti az SSH-val és amelyről feladják a feladataikat a számítási csomópont(ok) feléjobok kezelésével kapcsolatos teendőket. Az eredményeket is e szerveren kapjuk megTámogatott operációs rendszerek: OS X, illetve ezt a szervert használhatjuk a számítások eredményéül előállt adathalmaz grafikus megjelenítésére isLinux.
==== Telepítés ====A számítógépeket kötegelt módban tudjuk használni, amely azt jelenti, hogy egy számítási feladatot egy erre szolgáló leírónyelv segítségével fogalmazunk meg: többek között meg kell mondanunk, hogy mi az keretrendszer a bináris állomány, amelyet futtatni kívánunk, hány processzoron, milyen futtatói környezetben, melyek az input paraméterei, állományai, és melyik állományba irányítjuk át az eredményeketgithub. Az így megfogalmazott számítási feladatot várakozósorba helyezzük, majd az egyes helyszíneken telepített ütemezők azokat elindítják, com-ról telepíthető és futtatjákfrissíthető.A telepítéséhez a következő parancsokat kell futtatni a terminálban:
  cd $HOME git clone git://github.com/hornos/shf3.git echo 'source $HOME/shf3/bin/shfrc' >> $HOME/.profile source .profile == Hozzáférés == Firssítés ====  shfmgr -u ==== SSH elérés beállítása ====Az SSH modul független a `$HOME/.ssh` könyvtárban található konfigurációtól. Minden SSH login/gép pároshoz tartozik egy MID fájl. Ebben a szuperszámítógépekhez fájlban vannak tárolva az SSH paraméterei `kulcs=érték` formában. A MID fájl Bash formátumú szkript fájl, amelyet más programokban a `source` paranccsal tudunk beolvasni. Új SSH MID-et a következő paranccsal tudunk létrehozni: sshmgr -n <MID> A következő beállításokat kell beleírni a MID fájlba:  # a távoli gép IP címe vagy DNS neve mid_ssh_fqdn="skynet.cyberdy.ne" # távoli felhasználói név mid_ssh_user="$USER" # SSH port mid_ssh_port=22 # explicit ellenőrzés mid_ssh_port_check="ping" Amennyiben nincs még SSH kulcsunk a szkript létrehozza ezt. Az SSH kulcsokat a `$HOME/shf3/key/ssh` könyvtár alatt találjuk: privát kulcs: `<MID>.sec`, publikus kulcs: `<MID>.pub`. A publikus részt kell eljuttatni a távoli gépre ill. elküldeni a regisztráció során. Ha vannak már kulcsaink, akkor ebbe a könyvtárba kell másolni az előbb említett nevekkel. Az SSH MID-ek a `$HOME/shf3/mid/ssh` könyvtár alatt vannak a `<MID>` nevű fájlokban. Minden SSH-val kapcsolatos parancs ezekt a fájlokat olvassa és használja a kulcsokat, ha elérhetők. Belépés:  sshto -m <MID>  A budapesti gép példáján bemutatom hogyan kell beállítani a keretrendszert a saját gépünkön.
[[Category: HPC]]
[[Category: HOWTO]]
Htom(AT)niif.hu
214
szerkesztés
A lap eredeti címe: „https://wiki.niif.hu/index.php?title=Speciális:MobileDiff/2460”

Navigációs menü