„Budapest2 klaszter” változatai közötti eltérés

Innen: KIFÜ Wiki
146. sor: 146. sor:
 
slicenses
 
slicenses
 
</code>
 
</code>
 +
 +
==== Karbantartás ellenőrzése ====
 +
A karbantartási időablakban az ütemező nem indít új jobokat, de beküldeni lehet. A karbantartások időpontjairól a következő parancs ad tájékoztatást:
 +
<code>
 +
sreservations
 +
</code>
 +
 +
==== Összesített felhasználás ====
 +
Egy hónapra visszamenőleg az elfogyasztott CPU perceket a következő paranccsal kérhetjük le:
 +
<code>
 +
susage
 +
</code>
 +
 +
==== Teljes fogyasztás ====
 +
Ha szeretnénk tájékozódni arról, hogy egy bizony idő óta mennyi a CPU idő felhasználásunk akkor azt ezzel paranccsal tudjuk lekérdezni:
 +
<code>
 +
sreport -t Hours Cluster AccountUtilizationByUser Accounts=ACCOUNT Start=2015-01-01
 +
</code>
 +
 +
=== Feladatok futtatása ===
 +
Alkalmazások futtatása a szupergépeken kötegelt (batch) üzemmódban lehetséges. Ez azt jelenti, hogy minden futtatáshoz egy job szkriptet kell elkészíteni, amely tartalmazza az igényelt erőforrások leírását és a futtatáshoz szükséges parancsokat. Az ütemező paramétereit (erőforrás igények) a <code>#SBATCH</code> direktívával kell megadni.
 +
 +
==== Kötelező paraméterek ====
 +
A következő paramétereket minden esetben meg kell adni:
 +
<pre>
 +
#!/bin/bash
 +
#SBATCH -A ACCOUNT
 +
#SBATCH --job-name=NAME
 +
#SBATCH --time=TIME
 +
#SBTACH --gres=gpu:N
 +
</pre>
 +
ahol az <code>ACCOUNT</code> a terhelendő számla neve (elérhető számláinkről az <code>sbalance</code> parancs ad felvilágosítást), a <code>NAME</code> a job rövid neve, a <code>TIME</code> pedig a maximális walltime idő (<code>DD-HH:MM:SS</code>). A következő időformátumok használhatók:
 +
"minutes", "minutes:seconds", "hours:minutes:seconds", "days-hours", "days-hours:minutes" és "days-hours:minutes:seconds".
 +
 +
Az <code>N</code> a GPU-k/node számát adja meg, ami 1 és 2 lehet maximum.
 +
 +
A jobok feladását a következő parancs végzi:
 +
<code>
 +
sbatch slurm.sh
 +
</code>
 +
 +
Sikeres feladás esetén a következő kimenetet kapjuk:
 +
<pre>
 +
Submitted batch job JOBID
 +
</pre>
 +
ahol a <code>JOBID</code> a feladat egyedi azonosítószáma.
 +
 +
A feladat leállítását a következő parancs végzi:
 +
<code>
 +
scancel JOBID
 +
</code>
 +
 +
==== Nem újrainduló jobok ====
 +
Nem újrainduló jobokhoz a következő direktívát kell használni:
 +
<pre>
 +
#SBATCH --no-requeue
 +
</pre>
 +
 +
==== Feladat sorok ====
 +
A szupergépeken két, egymást nem átfedő, sor (partíció) áll rendelkezésre, a <code>test</code> sor és a <code>prod</code> sor. Utóbbi az éles számolásokra való, előbbi fejlesztés és tesztelés céljára használható. A teszt sorban összesen 1 node-ot, maximum fél órára lehet lefoglalni. Az alapértelmezett sor a <code>prod</code>. A teszt partíciót a következő direktívával lehet kiválasztani:
 +
<pre>
 +
#SBATCH --partition=test
 +
</pre>
 +
A teszt partícióban 1 GPU található (<code>--gres=gpu:1</code>)
 +
 +
==== A szolgáltatás minősége (QOS) ====
 +
A szolgáltatást alapértelmezett minősége <code>normal</code>, azaz nem megszakítható a futás.
 +
 +
===== Magas prioritás =====
 +
A magas prioritású jobok maximum 24 óráig futhatnak, és kétszer gyorsabb időelszámolással rendelkeznek, cserébe az ütemező előreveszi ezeket a feladatokat.
 +
<pre>
 +
#SBATCH --qos=fast
 +
</pre>
 +
 +
===== Alacsony prioritás =====
 +
Lehetőség van alacsony prioritású jobok feladására is. Az ilyen feladatokat bármilyen normál prioritású job bármikor megszakíthatja, cserébe az elhasznált gépidő fele számlázódik csak. A megszakított jobok automatikusan újraütemeződnek. Fontos, hogy olyan feladatokat indítsunk alacsony prioritással, amelyek kibírják a véletlenszerű megszakításokat, rendszeresen elmentik az állapotukat (checkpoint) és ebből gyorsan újra tudnak indulni.
 +
<pre>
 +
#SBATCH --qos=lowpri
 +
</pre>
 +
 +
==== Memória foglalás ====
 +
Alapértelmezetten 1 CPU core-hoz 1000 MB memória van rendelve, ennél többet a következő direktívával igényelhetünk:
 +
<pre>
 +
#SBATCH --mem-per-cpu=MEMORY
 +
</pre>
 +
ahol <code>MEMORY</code> MB egységben van megadva. Budapesten és Szegeden a maximális memória/core 3000 MB.
 +
 +
==== Email értesítés ====
 +
Levél küldése job állapotának változásakor (elindulás,leállás,hiba):
 +
<pre>
 +
#SBATCH --mail-type=ALL
 +
#SBATCH --mail-user=EMAIL
 +
</pre>
 +
ahol az <code>EMAIL</code> az értesítendő emial cím.
 +
 +
==== Tömbfeladatok (arrayjob) ====
 +
Tömbfeladatokra akkor van szükségünk, egy szálon futó (soros) alkalmazást szeretnénk egyszerre sok példányban (más-más adatokkal) futtatni. A példányok számára az ütemező a <code>SLURM_ARRAY_TASK_ID</code> környezeti változóban tárolja az egyedi azonosítót. Ennek lekérdezésével lehet az arrayjob szálait elkülöníteni. A szálak kimenetei a <code>slurm-SLURM_ARRAY_JOB_ID-SLURM_ARRAY_TASK_ID.out</code> fájlokba íródnak. Az ütemező a feltöltést szoros pakolás szerint végzi. Ebben az esetben is érdemes a processzorszám többszörösének választani a szálak számát. [http://slurm.schedmd.com/job_array.html Bővebb ismertető]
 +
 +
<pre>
 +
#!/bin/bash
 +
#SBATCH -A ACCOUNT
 +
 +
#SBATCH --job-name=array
 +
#SBATCH --time=24:00:00
 +
#SBATCH --array=1-96
 +
srun envtest.sh
 +
</pre>
 +
 +
==== Soros (serial) jobok ====
 +
Több soros job futtatását a tömbfeladatokhoz hasonlóan kell indítani.
 +
<pre>
 +
#!/bin/bash
 +
 +
#SBATCH -A ACCOUNT
 +
#SBATCH --job-name=serial
 +
#SBATCH --time=24:30:00
 +
#SBATCH -n 3
 +
#SBATCH --partition=test
 +
srun -n 1 program input1 &
 +
srun -n 1 program input2 &
 +
srun -n 1 program input3
 +
wait
 +
</pre>
 +
 +
==== OpenMPI feladatok ====
 +
MPI feladatok esetén meg kell adnunk az egy node-on elinduló MPI processzek számát is (<code>#SBATCH --ntasks-per-node=</code>). A leggyakoribb esetben ez az egy node-ban található CPU core-ok száma. A párhuzamos programot az <code>mpirun</code> paranccsal kell indítani.
 +
<pre>
 +
#!/bin/bash
 +
#SBATCH -A ACCOUNT
 +
#SBATCH --job-name=mpi
 +
#SBATCH -N 2
 +
#SBATCH --ntasks-per-node=20
 +
#SBATCH --time=12:00:00
 +
mpirun PROGRAM
 +
</pre>

A lap 2015. május 20., 12:09-kori változata

Klaszter Budapest2
Típus HP
core / node 10 × 2 Xeon E5-2680v2 2.80GHz
GPU / node 2 × Nvidia K20
CN szám 14

Belépés

ssh USER@login.budapest2.hpc.niif.hu

Nem alapértelmezett kulcs használata esetén a -i KULCS kapcsolóval megadása szükséges (SSH és SCP parancsok).

Fájlok másolása SCP-vel

Letöltés a HOME könyvtárból és feltöltés a HOME könyvtárba: 

Fel:  scp FILE USER@login.budapest2.hpc.niif.hu:FILE
Le :  scp USER@login.budapest2.hpc.niif.hu:FILE FILE

Adatszinkronizáció

Nagyobb fájlok ill. könyvtárstruktúrák szinkronizálásához a következő parancsokat kell használni 

Fel:  rsync -a -e ssh DIRECTORY USER@login.budapest2.hpc.niif.hu:/home/USER
Le :  rsync -a -e ssh USER@login.budapest2.hpc.niif.hu:/home/USER/DIRECTORY

A törölt fájlok szinkronizálásához a --delete opciót kell megadni.

Felhasználói felület

              rövid CWD
                    |
   BUDAPEST2[login] ~ (0)$
       |       |       |
  HPC állomás  |       |
        rövid gép név  |
              előző parancs exit kódja

Modul környezet

Az elérhető modulok listáját a következő paranccsal kapjuk meg: 

module avail

a már betöltött modulok listáját: 

module list

Alkalmazást a következő paranccsal tölthetünk be: 

module load APP

A NIIF által beállított környezeti változókat nce parancs listázza ki.

Adatok megosztása projekt tagok számára

Fájlok ill. könyvtárak megosztásához ACL-eket kell beállítani. A HOME könyvtárat más felhasználó (OTHER) számára olvashatóvá, így tehetjük 

setfacl -m u:OTHER:rx $HOME

Addott könyvtárat (DIRECTORY) írahtóvá: 

setfacl -m u:OTHER:rxw $HOME/DIRECTORY

A kiterjesztett jogokat a következő paranccsal kérhetjük le: 

getfacl $HOME/DIRECTORY

Közös home könyvtár használata

A szuperszámítógépek login gépeit összekötő közös fájlrendszer a következő könyvtár alatt található: 

/mnt/fhgfs/home/$USER

Biztonsági mentést a közös könyvtárba a következő paranccsal tudunk végezni: 

rsync -avuP --delete $HOME/DIRECTORY /mnt/fhgfs/home/$USER

SLURM ütemező használata

A szupergépen CPU óra (gépidő) alapú ütemezés működik. A felhasználóhoz tartozó Slurm projektek (Account) állapotáraól a következő parancs ad információt: sbalance A második oszlopban (Usage) az egyes felhasználók elhasznált gépideje, a negyeik oszlopban pedig a számla összesített gépideje látható. Az utolsó két oszlop a maximális (Account Limit) és a még alérhető (Available) gépidőről ad tájékoztatást. 

Scheduler Account Balance
---------- ----------- + ---------------- ----------- + ------------- -----------
User             Usage |          Account       Usage | Account Limit   Available (CPU hrs)
---------- ----------- + ---------------- ----------- + ------------- -----------
bob *                7 |           foobar           7 |         1,000         993
alice                0 |           foobar           7 |         1,000         993

A gépidő becslése

Nagyüzemi (production) futtatások előtt gépidőbecslést érdemes végezni. Ehhez a következő parancs használható: sestimate -N NODES -t WALLTIME ahol a NODES a lefoglalni kívánt node-ok száma, a WALLTIME pedig a futás maximális ideje.

Fontos, hogy a lefoglalni kívánt gépidőt a lehető legpontosabban adjuk meg, mivel az ütemező ez alapján is rangsorolja a futtatásra váró feladatokat. Általában igaz, hogy a rövidebb job hamarabb sorra kerül. Érdemes minden futás idejét utólag az sacct paranccsal is ellenőrizni.

Állapotinformációk

Az ütemezőben lévő jobokról az squeue, a klaszter általános állapotáról az sinfo parancs ad tájékoztatást. Minden beküldött jobhoz egy egyedi azonosítószám (JOBID) rendelődik. Ennek ismeretében további információkat kérhetünk. Feladott vagy már futó job jellemzői: scontrol show job JOBID

Minden job egy ún. számlázási adatbázisba (accounting) is bekerül. Ebből az adatbázisból visszakereshetők a lefuttatott feladatok jellemzői és erőforrás-felhasználás statisztikái. A részletes statisztikát a következő paranccsal tudjuk megnézni: sacct -l -j JOBID

A felhasznált memóriáról a következő parancs ad tájékoztatást: smemory JOBID

A lemezhasználatról pedig a sdisk JOBID

Slurm figyelmeztető üzenetek

Resources/AssociationResourceLimit - Erőforrásra vár
AssociationJobLimit/QOSJobLimit - Nincs elég CPU idő vagy a maximális CPU szám le van foglalva
Piority - Alacsony prioritás miatt várakozik

Az utóbbi esetben, csőkkenteni kell a job által lefoglalni kívánt időt. Egy adott projekt részére maximálisan 512 CPU-n futhatnak jobok egy adott időben.

Licenszek ellenőrzése

Az elérhető és éppen használt licenszekről a következő parancs ad információt: slicenses

Karbantartás ellenőrzése

A karbantartási időablakban az ütemező nem indít új jobokat, de beküldeni lehet. A karbantartások időpontjairól a következő parancs ad tájékoztatást: sreservations

Összesített felhasználás

Egy hónapra visszamenőleg az elfogyasztott CPU perceket a következő paranccsal kérhetjük le: susage

Teljes fogyasztás

Ha szeretnénk tájékozódni arról, hogy egy bizony idő óta mennyi a CPU idő felhasználásunk akkor azt ezzel paranccsal tudjuk lekérdezni: sreport -t Hours Cluster AccountUtilizationByUser Accounts=ACCOUNT Start=2015-01-01

Feladatok futtatása

Alkalmazások futtatása a szupergépeken kötegelt (batch) üzemmódban lehetséges. Ez azt jelenti, hogy minden futtatáshoz egy job szkriptet kell elkészíteni, amely tartalmazza az igényelt erőforrások leírását és a futtatáshoz szükséges parancsokat. Az ütemező paramétereit (erőforrás igények) a #SBATCH direktívával kell megadni.

Kötelező paraméterek

A következő paramétereket minden esetben meg kell adni: 

#!/bin/bash
#SBATCH -A ACCOUNT
#SBATCH --job-name=NAME
#SBATCH --time=TIME
#SBTACH --gres=gpu:N

ahol az ACCOUNT a terhelendő számla neve (elérhető számláinkről az sbalance parancs ad felvilágosítást), a NAME a job rövid neve, a TIME pedig a maximális walltime idő (DD-HH:MM:SS). A következő időformátumok használhatók: "minutes", "minutes:seconds", "hours:minutes:seconds", "days-hours", "days-hours:minutes" és "days-hours:minutes:seconds".

Az N a GPU-k/node számát adja meg, ami 1 és 2 lehet maximum.

A jobok feladását a következő parancs végzi: sbatch slurm.sh

Sikeres feladás esetén a következő kimenetet kapjuk: 

Submitted batch job JOBID

ahol a JOBID a feladat egyedi azonosítószáma.

A feladat leállítását a következő parancs végzi: scancel JOBID

Nem újrainduló jobok

Nem újrainduló jobokhoz a következő direktívát kell használni: 

#SBATCH --no-requeue

Feladat sorok

A szupergépeken két, egymást nem átfedő, sor (partíció) áll rendelkezésre, a test sor és a prod sor. Utóbbi az éles számolásokra való, előbbi fejlesztés és tesztelés céljára használható. A teszt sorban összesen 1 node-ot, maximum fél órára lehet lefoglalni. Az alapértelmezett sor a prod. A teszt partíciót a következő direktívával lehet kiválasztani: 

#SBATCH --partition=test

A teszt partícióban 1 GPU található (--gres=gpu:1)

A szolgáltatás minősége (QOS)

A szolgáltatást alapértelmezett minősége normal, azaz nem megszakítható a futás.

Magas prioritás

A magas prioritású jobok maximum 24 óráig futhatnak, és kétszer gyorsabb időelszámolással rendelkeznek, cserébe az ütemező előreveszi ezeket a feladatokat. 

#SBATCH --qos=fast
Alacsony prioritás

Lehetőség van alacsony prioritású jobok feladására is. Az ilyen feladatokat bármilyen normál prioritású job bármikor megszakíthatja, cserébe az elhasznált gépidő fele számlázódik csak. A megszakított jobok automatikusan újraütemeződnek. Fontos, hogy olyan feladatokat indítsunk alacsony prioritással, amelyek kibírják a véletlenszerű megszakításokat, rendszeresen elmentik az állapotukat (checkpoint) és ebből gyorsan újra tudnak indulni. 

#SBATCH --qos=lowpri

Memória foglalás

Alapértelmezetten 1 CPU core-hoz 1000 MB memória van rendelve, ennél többet a következő direktívával igényelhetünk: 

#SBATCH --mem-per-cpu=MEMORY

ahol MEMORY MB egységben van megadva. Budapesten és Szegeden a maximális memória/core 3000 MB.

Email értesítés

Levél küldése job állapotának változásakor (elindulás,leállás,hiba): 

#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --mail-user=EMAIL

ahol az EMAIL az értesítendő emial cím.

Tömbfeladatok (arrayjob)

Tömbfeladatokra akkor van szükségünk, egy szálon futó (soros) alkalmazást szeretnénk egyszerre sok példányban (más-más adatokkal) futtatni. A példányok számára az ütemező a SLURM_ARRAY_TASK_ID környezeti változóban tárolja az egyedi azonosítót. Ennek lekérdezésével lehet az arrayjob szálait elkülöníteni. A szálak kimenetei a slurm-SLURM_ARRAY_JOB_ID-SLURM_ARRAY_TASK_ID.out fájlokba íródnak. Az ütemező a feltöltést szoros pakolás szerint végzi. Ebben az esetben is érdemes a processzorszám többszörösének választani a szálak számát. Bővebb ismertető 

#!/bin/bash
#SBATCH -A ACCOUNT

#SBATCH --job-name=array
#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --array=1-96
srun envtest.sh

Soros (serial) jobok

Több soros job futtatását a tömbfeladatokhoz hasonlóan kell indítani. 

#!/bin/bash

#SBATCH -A ACCOUNT
#SBATCH --job-name=serial
#SBATCH --time=24:30:00
#SBATCH -n 3
#SBATCH --partition=test
srun -n 1 program input1 &
srun -n 1 program input2 &
srun -n 1 program input3
wait

OpenMPI feladatok

MPI feladatok esetén meg kell adnunk az egy node-on elinduló MPI processzek számát is (#SBATCH --ntasks-per-node=). A leggyakoribb esetben ez az egy node-ban található CPU core-ok száma. A párhuzamos programot az mpirun paranccsal kell indítani. 

#!/bin/bash
#SBATCH -A ACCOUNT
#SBATCH --job-name=mpi
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=20
#SBATCH --time=12:00:00
mpirun PROGRAM
A lap eredeti címe: „https://wiki.niif.hu/index.php?title=Budapest2_klaszter&oldid=3093”