{| class="wikitable" border="1"
|-
| Klaszter
| Debrecen3 Phi (Apollo)
|-
| Típus
| HP Apollo 8000
|-
| core / node
| 12 × 2 Intel Xeon E5-2670 v3 @ 2.30GHz
|-
| MIC / node
| 44 x 2 Intel(R) Xeon Phi(TM) MIC SE10/7120D
|-
| Compute node-ok
| 44 db
|-
| Max Walltime
| 7-00:00:00
|-
| Max core-ok / projekt
| 336 (14db node)
|-
| Max mem / core
| 5000 MB
|}

=== CPU idő kérés ===

{{ATTENTION|A CPU idő igénylésekor egy olyan rövid indoklást várunk a HPC projekt vezetőktől, amiből kiderül, hogy a futtatandó alkalmazás képes MIC-et használni (ez alól kivétel, ha a felhasználás célja a gépen elérhető licenszelt szoftver használata, amennyiben az nem képes Phi-t használni (pl. Gaussian, Maple)). Erre azért van szükség, mert az erőforrás teljesítményének nagyobbik része Phi gyorsításból származik, egy gyorsítás nélküli program a CPU-kat lefoglalja, korlátozva ezzel a Phi-k használatát, ami kihasználatlansághoz vezet. Az Intel [https://software.intel.com/en-us/xeonphionlinecatalog közzétett egy listát] arról, hogy melyik alkalmazás rendelkezik jelenleg hivatalosan Intel Xeon Phi támogatással, de természetesen egyéb, Phi-t használó program is nagy valószínűséggel jól fut a gépen.
}}

=== Belépés ===
<pre>
ssh USER@login.debrecen2.hpc.niif.hu
</pre>
Nem alapértelmezett kulcs használata esetén a <code>-i KULCS</code> kapcsolóval megadása szükséges (SSH és SCP parancsok).

=== Fájlok másolása SCP-vel ===
Letöltés a HOME könyvtárból és feltöltés a HOME könyvtárba:
<pre>
Fel: scp FILE USER@login.debrecen2.hpc.niif.hu:FILE
Le : scp USER@login.debrecen2.hpc.niif.hu:FILE FILE
</pre>

=== Adatszinkronizáció ===
Nagyobb fájlok ill. könyvtárstruktúrák szinkronizálásához a következő parancsokat kell használni
<pre>
Fel: rsync -a -e ssh DIRECTORY USER@login.debrecen2.hpc.niif.hu:/home/USER
Le : rsync -a -e ssh USER@login.debrecen2.hpc.niif.hu:/home/USER/DIRECTORY
</pre>
A törölt fájlok szinkronizálásához a <code>--delete</code> opciót kell megadni.

== Felhasználói felület ==
<pre>
rövid CWD
|
DEBRECEN2[login] ~ (0)$
| | |
HPC állomás | |
rövid gép név |
előző parancs exit kódja
</pre>

=== Modul környezet ===
Az elérhető modulok listáját a következő paranccsal kapjuk meg:
<pre>
module avail
</pre>
a már betöltött modulok listáját:
<pre>
module list
</pre>
Alkalmazást a következő paranccsal tölthetünk be:
<pre>
module load APP
</pre>
A NIIF által beállított környezeti változókat <code>nce</code> parancs listázza ki.

=== Adatok megosztása projekt tagok számára ===
Fájlok ill. könyvtárak megosztásához ACL-eket kell beállítani. A HOME könyvtárat más felhasználó (OTHER) számára olvashatóvá, így tehetjük
<pre>
setfacl -m u:OTHER:rx $HOME
</pre>
Addott könyvtárat (DIRECTORY) írahtóvá:
<pre>
setfacl -m u:OTHER:rxw $HOME/DIRECTORY
</pre>
A kiterjesztett jogokat a következő paranccsal kérhetjük le:
<pre>
getfacl $HOME/DIRECTORY
</pre>

== Közös home könyvtár használata ==
A szuperszámítógépek login gépeit összekötő közös fájlrendszer a következő könyvtár alatt található:
<pre>
/mnt/fhgfs/home/$USER
</pre>
Biztonsági mentést a közös könyvtárba a következő paranccsal tudunk végezni:
<pre>
rsync -avuP --delete $HOME/DIRECTORY /mnt/fhgfs/home/$USER
</pre>

== Alkalmazások lefordítása ==

Mindenkitől azt kérjük, hogy először próbálja meg saját maga lefordítani az alkalmazását. Ha ez valamilyen oknál fogva mégsem sikerülne, akkor következő lépésként a magyarországi szuperszámítógép felhasználóktól érdemes kérdezni, mert nagy esély van rá hogy mások is belefutottak ugyanabba a problémába. Ezen a címen lehet őket elérni: <code>hpc-forum kukac listserv.niif.hu</code>. Feliratkozni [https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum itt lehet erre] a levelezőlistára. Az archívumban is érdemes utánanézni a kérdésnek. Az NIIF HPC support csak igen korlátozottan képes egyéni fordítási kérésekkel foglalkozni, de problémával felkeresheti a <code>hpc-support kukac niif.hu</code> címet. Az utóbbi esetben pár napos türelmüket mindenképp kérjük válaszunkig.

== SLURM ütemező használata ==
A szuperszámítógépen CPU óra (gépidő) alapú ütemezés működik. A felhasználóhoz tartozó Slurm projektek (Account) állapotáról a következő parancs ad információt:
<pre>
sbalance
</pre>
A második oszlopban (Usage) az egyes felhasználók elhasznált gépideje, a negyedik oszlopban pedig a számla összesített gépideje látható. Az utolsó két oszlop a maximális (Account Limit) és a még elérhető (Available) gépidőről ad tájékoztatást.
<pre>
Scheduler Account Balance
---------- ----------- + ---------------- ----------- + ------------- -----------
User Usage | Account Usage | Account Limit Available (CPU hrs)
---------- ----------- + ---------------- ----------- + ------------- -----------
bob * 7 | foobar 7 | 1,000 993
alice 0 | foobar 7 | 1,000 993
</pre>

=== A gépidő becslése ===
Nagyüzemi (production) futtatások előtt gépidőbecslést érdemes végezni. Ehhez a következő parancs használható:
<pre>
sestimate -N NODES -t WALLTIME
</pre>
ahol a <code>NODES</code> a lefoglalni kívánt node-ok száma, a <code>WALLTIME</code> pedig a futás maximális ideje.

'''Fontos, hogy a lefoglalni kívánt gépidőt a lehető legpontosabban adjuk meg, mivel az ütemező ez alapján is rangsorolja a futtatásra váró feladatokat. Általában igaz, hogy a rövidebb job hamarabb sorra kerül. Érdemes minden futás idejét utólag az <code>sacct</code> paranccsal is ellenőrizni.'''

=== Állapotinformációk ===
Az ütemezőben lévő jobokról az <code>squeue</code>, a klaszter általános állapotáról az <code>sinfo</code> parancs ad tájékoztatást. Minden beküldött jobhoz egy egyedi azonosítószám (JOBID) rendelődik. Ennek ismeretében további információkat kérhetünk. Feladott vagy már futó job jellemzői:
<pre>
scontrol show job JOBID
</pre>

Minden job egy ún. számlázási adatbázisba (accounting) is bekerül. Ebből az adatbázisból visszakereshetők a lefuttatott feladatok jellemzői és erőforrás-felhasználás statisztikái. A részletes statisztikát a következő paranccsal tudjuk megnézni:
<pre>
sacct -l -j JOBID
</pre>

A felhasznált memóriáról a következő parancs ad tájékoztatást:
<pre>
smemory JOBID
</pre>

A lemezhasználatról pedig a
<pre>
sdisk JOBID
</pre>

==== Slurm figyelmeztető üzenetek ====
<pre>
Resources/AssociationResourceLimit - Erőforrásra vár
AssociationJobLimit/QOSJobLimit - Nincs elég CPU idő vagy a maximális CPU szám le van foglalva
Piority - Alacsony prioritás miatt várakozik
</pre>
Az utóbbi esetben, csökkenteni kell a job által lefoglalni kívánt időt. Egy adott projekt részére maximálisan 512 CPU-n futhatnak jobok egy adott időben.

==== Licenszek ellenőrzése ====
Az elérhető és éppen használt licenszekről a következő parancs ad információt:
<pre>
slicenses
</pre>

==== Karbantartás ellenőrzése ====
A karbantartási időablakban az ütemező nem indít új jobokat, de beküldeni lehet. A karbantartások időpontjairól a következő parancs ad tájékoztatást:
<pre>
sreservations
</pre>

==== Összesített felhasználás ====
Egy hónapra visszamenőleg az elfogyasztott CPU perceket a következő paranccsal kérhetjük le:
<pre>
susage
</pre>

==== Teljes fogyasztás ====
Ha szeretnénk tájékozódni arról, hogy egy bizony idő óta mennyi a CPU idő felhasználásunk akkor azt ezzel paranccsal tudjuk lekérdezni:
<pre>
sreport -t Hours Cluster AccountUtilizationByUser Accounts=ACCOUNT Start=2015-01-01
</pre>

=== Feladatok futtatása ===
Alkalmazások futtatása a szupergépeken kötegelt (batch) üzemmódban lehetséges. Ez azt jelenti, hogy minden futtatáshoz egy job szkriptet kell elkészíteni, amely tartalmazza az igényelt erőforrások leírását és a futtatáshoz szükséges parancsokat. Az ütemező paramétereit (erőforrás igények) a <code>#SBATCH</code> direktívával kell megadni.

==== Kötelező paraméterek ====
A következő paramétereket minden esetben meg kell adni:
<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -A ACCOUNT
#SBATCH --job-name=NAME
#SBATCH --time=TIME
</pre>
ahol az <code>ACCOUNT</code> a terhelendő számla neve (elérhető számláinkről az <code>sbalance</code> parancs ad felvilágosítást), a <code>NAME</code> a job rövid neve, a <code>TIME</code> pedig a maximális walltime idő (<code>DD-HH:MM:SS</code>). A következő időformátumok használhatók:
"minutes", "minutes:seconds", "hours:minutes:seconds", "days-hours", "days-hours:minutes" és "days-hours:minutes:seconds".

==== Phi-k lefoglalása ====
A Phi-k lefoglalása a következő direktívával törénik:
<pre>
#SBATCH --gres=mic:N
</pre>
Az <code>N</code> a Phi-k/node számát adja meg, ami 1 vagy 2 lehet.

==== Interaktív használat ====
Rövid interaktív feladatokat az 'srun' paranccsal tudunk beküldeni, pl.:
<pre>
srun -l -n 1 -t TIME --gres=mic:1 -A ACCOUNT APP
</pre>

{{INFO|A Xeon Phi gyorsítók használatról, programozásáról és optimalizálásról [[Intel_Xeon_Phi|készítettünk egy wiki oldalt]]}}

==== Batch job-ok indítása ====
A jobok feladását a következő parancs végzi:
<pre>
sbatch slurm.sh
</pre>

Sikeres feladás esetén a következő kimenetet kapjuk:
<pre>
Submitted batch job JOBID
</pre>
ahol a <code>JOBID</code> a feladat egyedi azonosítószáma.

A feladat leállítását a következő parancs végzi:
<pre>
scancel JOBID
</pre>

==== Nem újrainduló jobok ====
Nem újrainduló jobokhoz a következő direktívát kell használni:
<pre>
#SBATCH --no-requeue
</pre>

==== Feladat sorok ====
A szupergépen login node-ja megegyezik a Debrecen2 GPU login node-jával, a Debrecen2 Phi gép használata a megfelelő várakozási sor megadásával lehetséges. A várakozási sor neve:
<code>prod-phi</code>
A partíciót a következő direktívával lehet kiválasztani:
<pre>
#SBATCH --partition=prod-phi
</pre>

==== A szolgáltatás minősége (QOS) ====
A szolgáltatást alapértelmezett minősége <code>normal</code>, azaz nem megszakítható a futás.

===== Magas prioritás =====
A magas prioritású jobok maximum 24 óráig futhatnak, és kétszer gyorsabb időelszámolással rendelkeznek, cserébe az ütemező előreveszi ezeket a feladatokat.
<pre>
#SBATCH --qos=fast
</pre>

===== Alacsony prioritás =====
Lehetőség van alacsony prioritású jobok feladására is. Az ilyen feladatokat bármilyen normál prioritású job bármikor megszakíthatja, cserébe az elhasznált gépidő fele számlázódik csak. A megszakított jobok automatikusan újraütemeződnek. Fontos, hogy olyan feladatokat indítsunk alacsony prioritással, amelyek kibírják a véletlenszerű megszakításokat, rendszeresen elmentik az állapotukat (checkpoint) és ebből gyorsan újra tudnak indulni.
<pre>
#SBATCH --qos=lowpri
</pre>

==== Memória foglalás ====
Alapértelmezetten 1 CPU core-hoz 1000 MB memória van rendelve, ennél többet a következő direktívával igényelhetünk:
<pre>
#SBATCH --mem-per-cpu=MEMORY
</pre>
ahol <code>MEMORY</code> MB egységben van megadva. A maximális memória/core 5000 MB lehet.

==== Email értesítés ====
Levél küldése job állapotának változásakor (elindulás,leállás,hiba):
<pre>
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --mail-user=EMAIL
</pre>
ahol az <code>EMAIL</code> az értesítendő emial cím.

==== Tömbfeladatok (arrayjob) ====
Tömbfeladatokra akkor van szükségünk, egy szálon futó (soros) alkalmazást szeretnénk egyszerre sok példányban (más-más adatokkal) futtatni. A példányok számára az ütemező a <code>SLURM_ARRAY_TASK_ID</code> környezeti változóban tárolja az egyedi azonosítót. Ennek lekérdezésével lehet az arrayjob szálait elkülöníteni. A szálak kimenetei a <code>slurm-SLURM_ARRAY_JOB_ID-SLURM_ARRAY_TASK_ID.out</code> fájlokba íródnak. Az ütemező a feltöltést szoros pakolás szerint végzi. Ebben az esetben is érdemes a processzorszám többszörösének választani a szálak számát. [http://slurm.schedmd.com/job_array.html Bővebb ismertető]

<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -A ACCOUNT
#SBATCH --job-name=array
#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --array=1-96
srun envtest.sh
</pre>

==== OpenMPI feladatok ====
MPI feladatok esetén meg kell adnunk az egy node-on elinduló MPI processzek számát is (<code>#SBATCH --ntasks-per-node=</code>). A leggyakoribb esetben ez az egy node-ban található CPU core-ok száma. A párhuzamos programot az <code>mpirun</code> paranccsal kell indítani.
<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -A ACCOUNT
#SBATCH --job-name=mpi
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --time=12:00:00
mpirun --report-pid ${TMPDIR}/mpirun.pid PROGRAM
</pre>

OpenMPI FAQ: http://www.open-mpi.org/faq

==== OpenMP (OMP) feladatok ====
OpenMP párhuzamos alkalmazásokhoz maximum 1 node-ot lehet lefoglalni. Az OMP szálák számát az <code>OMP_NUM_THREADS</code> környezeti változóval kell megadni. A változót vagy az alkamazás elé kell írni (ld. példa), vagy exportálni kell az indító parancs előtt:
<code>
export OMP_NUM_THREADS=8
</code>

A következő példában egy taskhoz 8 CPU core-t rendeltunk, a 8 CPU core-nak egy node-on kell lennie. A CPU core-ok számát a <code>
SLURM_CPUS_PER_TASK</code> változó tartalmazza, és ez állítja be az OMP szálak számát is.

Alice felhasználó a foobar számla terhére, maximum 6 órára indít el egy 8 szálas OMP alkalmazást.
<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -A foobar
#SBATCH --job-name=omp
#SBATCH --time=06:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK ./a.out
</pre>

==== Hibrid MPI-OMP feladatok ====
Hibrid MPI-OMP módról akkor beszélünk, ha a párhuzamos alkalmazás MPI-t és OMP-t is használ. Érdemes tudni, hogy az Intel MKL-el linkelt programok MKL hívásai OpenMP képesek. Általában a következő elosztás javasolt: az MPI processzek száma 1-től az egy node-ban található CPU foglalatok száma, az OMP szálak ennek megfelelően az egy node-ban található összes CPU core szám vagy annak fele, negyede (értelem szerűen). A jobszkipthez a fenti két mód paramétereit kombinálni kell.

A következő példában 2 node-ot, és node-onként 1-1 taskot indítunk taskonként 10 szállal. Alice felhasználó a foobar számla terhére, 8 órára, 2 node-ra küldött be egy hibrid jobot. Egy node-on egyszerre csak 1 db MPI processz fut ami node-onként 8 OMP szálat használ. A 2 gépen összesen 2 MPI proceszz és 2 x 8 OMP szál fut.
<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -A foobar
#SBATCH --job-name=mpiomp
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks=2
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH -o slurm.out
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
mpirun ./a.out
</pre>

==== Maple Grid feladatok ====
Maple-t az OMP feladatokhoz hasonlóan 1 node-on lehet futtatni. Használatához be kell tölteni a maple modult is. A Maple kliens-szerver üzemmódban működik ezért a Maple feladat futtatása előtt szükség van a grid szerver elindítására is (<code>${MAPLE}/toolbox/Grid/bin/startserver</code>). Ez az alkalmazás licensz köteles, amit a jobszkriptben meg kell adni (<code>#SBATCH --licenses=maplegrid:1</code>). A Maple feladat indátását a <code>${MAPLE}/toolbox/Grid/bin/joblauncher</code> paranccsal kell elvégezni.

Alice felhasználó a foobar számla terhére, 6 órára indítja el a Maple Grid alkalmazást:
<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -A foobar
#SBATCH --job-name=maple
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=16
#SBATCH --time=06:00:00
#SBATCH -o slurm.out
#SBATCH --licenses=maplegrid:1

module load maple

${MAPLE}/toolbox/Grid/bin/startserver
${MAPLE}/toolbox/Grid/bin/joblauncher ${MAPLE}/toolbox/Grid/samples/Simple.mpl
</pre>

[[Kategória: HPC]]

HPC

2016-05-19T08:56:36Z

Kzoli(AT)niif.hu: /* Szuperszámítógépeink összehasonlítása */

[[HPC_en|NIIF HPC in ENGLISH]]

== A szuperszámítógépekről ==
Az NIIF Intézet szuperszámítógép szolgáltatása tudományos számítási feladatok futtatására, valamint tudományos célú adattárolásra szolgál. A jelenleg integrált szuperszámítógép-rendszer komponensei négy helyszínen találhatók:

* Debreceni Egyetem
* NIIFI központ
* Pécsi Tudományegyetem
* Szegedi Tudományegyetem
* Miskolci Egyetem

[[Fájl:Orszagos-attekinto_hpc.png|center|700px|alt=Az NIIF szuperszámítógépei térképen]]

A tudományos számítási feladatok különböző típusainak minél szélesebb körű lefedettsége érdekében az egyes helyszíneken különböző felépítésű gépek találhatók: két helyszínen ccNUMA, három helyszínen pedig "fat-node" fürtözött megoldás. Az alrendszereket az NIIFI nagy sávszélességű, alacsony késleltetésű HBONE+ adathálózatán keresztül, ARC grid köztesréteg, valamint harmonizált felhasználói azonosítás segítségével integráljuk egységes elvek mentén elérhető számítási egységgé. Az erőforrás jelenleg Magyarország legnagyobb tudományos számítás céljára felhasználható erőforrása, amely összesen 50 billió lebegőpontos művelet elvégzését teszi lehetővé másodpercenként.
A szuperszámítógép-rendszert az NIIFI üzemelteti és fejleszti. A rendszerhez regisztrációt követően, minden olyan személy vagy kutatócsoport hozzáférhet, amely tagintézményi szerződéses kapcsolatban áll az NIIF Intézettel.
A gépen megtalálhatók és futtathatók a legkorszerűbb fejlesztőeszközök és tudományos számításra szolgáló alkalmazások, valamint, az NIIF adatközpontban elhelyezett alrendszer kivételével, valamennyi alrendszer kiegészül a számítási feladatok eredményeit megjelenítő vizualizációs eszközökkel.

==== Szuperszámítógépeink összehasonlítása ====

{| class="wikitable" border="1"
|-
| Helyszín
| Budapest
| [[Budapest2_klaszter|Budapest2]]
| Szeged
| Debrecen
| [[Debrecen2_GPU_klaszter|Debrecen2-GPU (Leo)]]
| [[Debrecen2_Phi_klaszter|Debrecen3-Phi (Apollo) (tesztüzem)]]
| Pécs

| [[Miskolc_UV_2000|Miskolc]] (tesztüzem)
|-
| Típus
| HP CP4000SL
| HP SL250s
| HP CP4000BL
| SGI ICE8400EX
| HP SL250s

| HP Apollo 8000
| SGI UV 1000

| SGI UV 2000
|-
| CPU-k / node
| 2
| 2
| 4
| 2
| 2

| 2
| 192

| 44
|-
| Core-ok / CPU
| 12
| 10
| 12
| 6
| 8
| 12
| 6
| 8
|-
| Memória / node
| 66 GB
| 63 GB
| 132 GB
| 47 GB
| 125 GB
| 125 GB
| 6 TB
| 1.4 TB
|-
| Memória / core
| 2.6 GB
| 3 GB
| 2.6 GB
| 2.6 GB
| 7.5 GB
| 5,2 GB
| 5 GB
| 4 GB
|-
| CPU
| AMD Opteron 6174 @ 2.2GHz
| Intel Xeon E5-2680 v2 @ 2.80GHz
| AMD Opteron 6174 @ 2.2GHz
| Intel Xeon X5680 @ 3.33 GHz
| Intel Xeon E5-2650 v2 @ 2.60GHz
| Intel Xeon E5-2670 v3 @ 2.30GHz
| Intel Xeon X7542 @ 2.66 GHz
| Intel Xeon E5-4627 v2 @ 3.33 GHz
|-
| GPU
| -
| -
| 2 * 6 Nvidia M2070
| -
| 68 * 3 Nvidia K20x + 16 * 3 Nvidia K40x
| -
| -
| -
|-
| Intel Xeon Phi
| -
| [[Intel_Xeon_Phi |14 * 2 * Intel(R) Xeon Phi(TM) MIC SE10/7120]]
| -
| -
| -
| [[Intel_Xeon_Phi |44 * 2 * Intel(R) Xeon Phi(TM) MIC SE10/7120]]
| -
| -
|-
| Linpack teljesítmény (Rmax)
| 5 Tflops
| 27 Tflops
| 20 Tflops
| 18 Tlops
| 254 Tflops
| ~106 Tflops
| 10 Tflops
| 8 Tflops
|-
| Compute node-ok száma
| 32
| 14
| 50
| 128
| 84
| 44
| 1
| 1
|-
| Dedikált storage
| 50 TB
| 500 TB
| 250 TB
| 500 TB
| 585 TB (Phi-vel közös)
| 585 TB (GPU-val közös)
| 500 TB
| 240 TB
|-
| Interconnect
| IB QDR
| IB NB FDR
| IB QDR
| IB QDR
| IB NB FDR
| IB NB FDR
| Numalink 5
| Numalink 6
|-
| Scheduler
| [http://slurm.schedmd.com/ SLURM]
| [http://slurm.schedmd.com/ SLURM]
| [http://slurm.schedmd.com/ SLURM]
| [http://slurm.schedmd.com/ SLURM]
| [http://slurm.schedmd.com/ SLURM]
| [http://slurm.schedmd.com/ SLURM]
| [http://slurm.schedmd.com/ SLURM]
| [http://slurm.schedmd.com/ SLURM]
|-
| MPI
| OpenMPI (ompi)
| IntelMPI (impi)
| OpenMPI (ompi)
| SGI MPT (mpt)
| OpenMPI (ompi)

| OpenMPI (ompi)
| SGI MPT (mpt)

| SGI MPT (mpt)
|}

== További információ ==
=== Az új HPC-k dokumentációja ===
* [[Budapest2_klaszter|Budapest2]]
* [[Miskolc_UV_2000|Miskolc]]
* [[Debrecen2_GPU_klaszter|Debrecen2 GPU klaszter (LEO)]]
* [[Debrecen2_Phi_klaszter|Debrecen3 Phi klaszter (Apollo)]]

=== Kapcsolódó oldalak===
* [[HPC-Portal|HPC portál: projekt és témaszámok kezelése, leállások, statisztikák]]
* [[NIIF_szuperszámítógépek_használata|A szuperszámítógépek használata]]
* [[HPC-GYIK|GY.I.K]]
* [http://www.niif.hu/hu/niif_intezet/az_niifi_szuperszamitogepek_hasznalata NIIF.HU HPC oldal]
* [[HPC_software|Telepített HPC Szoftverek ]]

=== Saját HPC oktató tartalmaink ===

* [http://videotorium.hu/hu/channels/details/1895 HPC oktató videók]
* [http://conference.niif.hu/event/3/session/23/contribution/25 HPC tutorial (NWS 2015) anyagai ]
* [http://videotorium.hu/hu/events/details/1864,GPU_programozas_workshop GPU programozás workshop (videotorium)]
* [[Intel_Xeon_Phi |Xeon Phi kártyák használata és alkamazások optimalizációja]]

=== Angol nyelvű tréningek, videók, anyagok ===
* [http://www.training.prace-ri.eu PRACE training portal]
* [[PRACE_User_Support|PRACE User Support]]
* [http://colfaxresearch.com/how-16-04/ Xeon Phi Training]
[[Kategória: HPC]]
[[Kategória: Összefoglaló lapok]]

Debrecen2 Phi klaszter

2016-05-19T07:55:39Z

Kzoli(AT)niif.hu:

2016-04-07T12:43:36Z

Kzoli(AT)niif.hu:

The current version of software on specific machines might be higher than described here. We are encouraging all users to install other tools to be used on our servers if service AUP and license restrictions are respected.

{| class="wikitable" border="1" style="text-align:center;"

|-
!Software component
!Debrecen
!Pécs
!Szeged
!Budapest
!Budapest2
!Debrecen2,3 (Leo, Apollo)
!Miskolc
|-
| colspan=8| '''Compiler environment (compiler, debugger, profiler)'''
|-
| AMD [http://developer.amd.com/tools-and-sdks/cpu-development/x86-open64-compiler-suite/ compilers ((opencc, openf90, openf95))] || colspan=2|-||colspan=2|Available||colspan=3|-
|-
| Math. Library (AMD) [http://developer.amd.com/tools/cpu-development/amd-core-math-library-acml ACML] ||colspan=2|-||colspan=2|4.2.4||colspan=3|-
|-
| [http://sources.redhat.com/gdb/ GDB] || colspan=2|7|| colspan=2|7.0.1|| colspan=2|7.2||7.5
|-
| [http://gcc.gnu.org/ GNU compilers (gcc, g++, gfortran)]||4,3||4.1.2 || colspan=2|4.1.2, 4.4.4|| colspan=2|4.4.7|| 4.3.4
|-
| Gprof|| colspan=2|2,2|| colspan=2|2,17|| colspan=2|2.20|| 2.23
|-
| Intel [http://software.intel.com/en-us/articles/intel-composer-xe/ compilers (icc, ifort)], [http://software.intel.com/en-us/articles/intel-math-kernel-library-documentation/ MKL], [http://software.intel.com/en-us/articles/intel-mkl-link-line-advisor/ Linking] ||colspan=2|12.1.5 (composerxe-2011 Update 11) ||colspan=2|-|| colspan=3|16.0
|-
| [http://oprofile.sourceforge.net/ Oprofile] || colspan=3|- ||0.9.4||colspan=3|-
|-
| colspan=8|'''Libraries supporting parallel development'''
|-
| LAM-MPI ||colspan=2|- ||colspan=2|7.1.2||colspan=3|-
|-
| MPICH2 ||colspan=2|1,4||colspan=2|1,2||colspan=3|-
|-
| [http://openmp.org/ OpenMP]||colspan=2|2.5 (GNU), 3.0 (Intel)||colspan=2|2.5 (GNU), 2.5 (AMD) ||colspan=3|2.5 (GNU), 3.0 (Intel)
|-
| [http://www.open-mpi.org/ OpenMPI] ||1.4.2 ||1.3.2 ||colspan=2|1.4.3 || colspan=2|1.8.5||1.6.3
|-
| [http://www.csm.ornl.gov/pvm/ PVM] ||colspan=4|3.4.5 ||colspan=3|-
|-
| [http://videotorium.hu/hu/recordings/details/12291,Overview_and_usage_of_the_SGI_HPC_softwares_on_the_SGI_ICE_and_SGI_UV_supercomputers SGI Perf. Suite] ||colspan=2|Available||colspan=2|-||colspan=2|-||Available
|-
| SGI-MPI (MPT) ||colspan=2|2,04||colspan=2|-||colspan=2|-||2.12
|-
| PGI Compiler and Tools ||colspan=5|-|| 15.10 || -
|-
| colspan=8|'''Libraries supporting scientific work'''
|-
| Atlas ||colspan=4|3.8.3||colspan=3|-
|-
| BLACS ||colspan=4|1.1 (OpenMPI, MPICH2) ||-||3.1.3||-
|-
| BLAS ||colspan=2|3.2.2 ||colspan=2|3||colspan=2|-||3
|-
| Boost||colspan=2|1,36||colspan=2|1,33||colspan=3|-
|-
| FFTW ||colspan=2|3.1.2 ||colspan=2|3.2.2||colspan=2|-||3.3.3
|-
| Gromacs ||colspan=2|4.5.4 ||colspan=2|4.5.5||colspan=2|-||4.6.2
|-
| GUILE ||colspan=2|1.8.5 ||colspan=2|-||colspan=2|-||1.8.8
|-
| HDF5 ||colspan=2|1.8.7||colspan=2|-||colspan=2|1.8.17||-
|-
| Lapack ||colspan=2|3.2.2 ||colspan=2|3 ||colspan=3|-
|-
| [http://www.maplesoft.com/ Maple] ||colspan=2| - ||colspan=2|18||-||2015||-
|-
| [http://www.niif.hu/node/645 Matlab] ||colspan=2|7.13.0 (R2011b)|| colspan=2|-||-||R2015b||-
|-
| NumPy ||colspan=2|1,3||colspan=2|1.5.1||colspan=2|-||1.7.0
|-
| Octave ||colspan=2|3,4||colspan=2|3.0.5 ||colspan=3|-
|-
| Qt||colspan=2|3.3.8b, 4.6.2||colspan=2|3.3.6 ||colspan=3|-
|-
| R ||colspan=2|2.8.1 ||colspan=2|-||colspan=2|-||3.0.1
|-
| Scalapack||colspan=4|1.7.5||-||2.0.2||-
|-
| Scilab ||colspan=2|5.3.2||colspan=2|-||colspan=3|-
|-
| Sun JRE ||colspan=2|1,6||colspan=2|-||colspan=1|-||1.8||1.7
|-
| Gaussian||colspan=3|09_REV_C.01||-||-||colspan=2|09_REV_D.01
|-
| colspan=8|'''Middleware'''
|-
| [http://www.nordugrid.org/arc/ ARC grid middleware] ||colspan=7|4.1.0 (A-REX, ARIS, kliensek))
|-
| colspan=8|'''Miscellaneous software'''
|-
| Emacs ||colspan=2|22,3||colspan=2|21,4||-||23.1.1||22.3.1
|-
| GNU Plot ||colspan=2|4.2.3 ||colspan=2|4||colspan=3|-
|-
| ImageMagick ||colspan=2|6.4.3 ||colspan=2|6.2.8||colspan=3|-
|-
| [http://www.virtualgl.org/About/TigerVNC Turbo VNC]||colspan=4|1,1||colspan=3|2
|-
| [http://www.blender.org/ Blender]||colspan=3|2,49||-||colspan=2|2.49||-
|-
| [http://www.virtualgl.org/ VirtualGL]||colspan=3|2.3.2||-||colspan=2|2.4||-
|-
| [http://www.paraview.org/ Paraview]||colspan=3|3.14.1||-||colspan=3|3.14.1
|-
| ffmpeg||colspan=2|-||colspan=2|0.4.9||colspan=3|-
|}

HPC software

2016-04-07T12:39:12Z

Kzoli(AT)niif.hu:

The current version of software on specific machines might be higher than described here. We are encouraging all users to install other tools to be used on our servers if service AUP and license restrictions are respected.

{| class="wikitable" border="1" style="text-align:center;"

|-
!Szoftver komponens
!Debrecen
!Pécs
!Szeged
!Budapest
!Budapest2
!Debrecen2,3 (Leo, Apollo)
!Miskolc
|-
| colspan=8| '''Fejlesztő környezet (fordító, debugger, profiler)'''
|-
| AMD [http://developer.amd.com/tools-and-sdks/cpu-development/x86-open64-compiler-suite/ compilers ((opencc, openf90, openf95))] || colspan=2|-||colspan=2|Available||colspan=3|-
|-
| Math. Library (AMD) [http://developer.amd.com/tools/cpu-development/amd-core-math-library-acml ACML] ||colspan=2|-||colspan=2|4.2.4||colspan=3|-
|-
| [http://sources.redhat.com/gdb/ GDB] || colspan=2|7|| colspan=2|7.0.1|| colspan=2|7.2||7.5
|-
| [http://gcc.gnu.org/ GNU fordítók (gcc, g++, gfortran)]||4,3||4.1.2 || colspan=2|4.1.2, 4.4.4|| colspan=2|4.4.7|| 4.3.4
|-
| Gprof|| colspan=2|2,2|| colspan=2|2,17|| colspan=2|2.20|| 2.23
|-
| Intel [http://software.intel.com/en-us/articles/intel-composer-xe/ compilers (icc, ifort)], [http://software.intel.com/en-us/articles/intel-math-kernel-library-documentation/ MKL], [http://software.intel.com/en-us/articles/intel-mkl-link-line-advisor/ Linking] ||colspan=2|12.1.5 (composerxe-2011 Update 11) ||colspan=2|-|| colspan=3|16.0
|-
| [http://oprofile.sourceforge.net/ Oprofile] || colspan=3|- ||0.9.4||colspan=3|-
|-
| colspan=8|'''Párhuzamosításhoz felhasználható függvénykönyvtárak'''
|-
| LAM-MPI ||colspan=2|- ||colspan=2|7.1.2||colspan=3|-
|-
| MPICH2 ||colspan=2|1,4||colspan=2|1,2||colspan=3|-
|-
| [http://openmp.org/ OpenMP]||colspan=2|2.5 (GNU), 3.0 (Intel)||colspan=2|2.5 (GNU), 2.5 (AMD) ||colspan=3|2.5 (GNU), 3.0 (Intel)
|-
| [http://www.open-mpi.org/ OpenMPI] ||1.4.2 ||1.3.2 ||colspan=2|1.4.3 || colspan=2|1.8.5||1.6.3
|-
| [http://www.csm.ornl.gov/pvm/ PVM] ||colspan=4|3.4.5 ||colspan=3|-
|-
| [http://videotorium.hu/hu/recordings/details/12291,Overview_and_usage_of_the_SGI_HPC_softwares_on_the_SGI_ICE_and_SGI_UV_supercomputers SGI Perf. Suite] ||colspan=2|Available||colspan=2|-||colspan=2|-||Available
|-
| SGI-MPI (MPT) ||colspan=2|2,04||colspan=2|-||colspan=2|-||2.12
|-
| PGI Compiler and Tools ||colspan=5|-|| 15.10 || -
|-
| colspan=8|'''Tudományos számításokhoz felhasználható függvénykönyvtárak'''
|-
| Atlas ||colspan=4|3.8.3||colspan=3|-
|-
| BLACS ||colspan=4|1.1 (OpenMPI, MPICH2) ||-||3.1.3||-
|-
| BLAS ||colspan=2|3.2.2 ||colspan=2|3||colspan=2|-||3
|-
| Boost||colspan=2|1,36||colspan=2|1,33||colspan=3|-
|-
| FFTW ||colspan=2|3.1.2 ||colspan=2|3.2.2||colspan=2|-||3.3.3
|-
| Gromacs ||colspan=2|4.5.4 ||colspan=2|4.5.5||colspan=2|-||4.6.2
|-
| GUILE ||colspan=2|1.8.5 ||colspan=2|-||colspan=2|-||1.8.8
|-
| HDF5 ||colspan=2|1.8.7||colspan=2|-||colspan=2|1.8.17||-
|-
| Lapack ||colspan=2|3.2.2 ||colspan=2|3 ||colspan=3|-
|-
| [http://www.maplesoft.com/ Maple] ||colspan=2| - ||colspan=2|18||-||2015||-
|-
| [http://www.niif.hu/node/645 Matlab] ||colspan=2|7.13.0 (R2011b)|| colspan=2|-||-||R2015b||-
|-
| NumPy ||colspan=2|1,3||colspan=2|1.5.1||colspan=2|-||1.7.0
|-
| Octave ||colspan=2|3,4||colspan=2|3.0.5 ||colspan=3|-
|-
| Qt||colspan=2|3.3.8b, 4.6.2||colspan=2|3.3.6 ||colspan=3|-
|-
| R ||colspan=2|2.8.1 ||colspan=2|-||colspan=2|-||3.0.1
|-
| Scalapack||colspan=4|1.7.5||-||2.0.2||-
|-
| Scilab ||colspan=2|5.3.2||colspan=2|-||colspan=3|-
|-
| Sun JRE ||colspan=2|1,6||colspan=2|-||colspan=1|-||1.8||1.7
|-
| Gaussian||colspan=3|09_REV_C.01||-||-||colspan=2|09_REV_D.01
|-
| colspan=8|'''Köztesrétegek'''
|-
| [http://www.nordugrid.org/arc/ ARC grid köztesréteg] ||colspan=7|4.1.0 (A-REX, ARIS, kliensek))
|-
| colspan=8|'''Egyéb szoftverek'''
|-
| Emacs ||colspan=2|22,3||colspan=2|21,4||-||23.1.1||22.3.1
|-
| GNU Plot ||colspan=2|4.2.3 ||colspan=2|4||colspan=3|-
|-
| ImageMagick ||colspan=2|6.4.3 ||colspan=2|6.2.8||colspan=3|-
|-
| [http://www.virtualgl.org/About/TigerVNC Turbo VNC]||colspan=4|1,1||colspan=3|2
|-
| [http://www.blender.org/ Blender]||colspan=3|2,49||-||colspan=2|2.49||-
|-
| [http://www.virtualgl.org/ VirtualGL]||colspan=3|2.3.2||-||colspan=2|2.4||-
|-
| [http://www.paraview.org/ Paraview]||colspan=3|3.14.1||-||colspan=3|3.14.1
|-
| ffmpeg||colspan=2|-||colspan=2|0.4.9||colspan=3|-
|}

HPC software

2016-03-31T09:00:17Z

Kzoli(AT)niif.hu:

The current version of software on specific machines might be higher than described here. We are encouraging all users to install other tools to be used on our servers if service AUP and license restrictions are respected.

{| class="wikitable" border="1" style="text-align:center;"

|-
!Szoftver komponens
!Debrecen
!Pécs
!Szeged
!Budapest
!Budapest2
!Debrecen2,3 (Leo, Apollo)
!Miskolc
|-
| colspan=8| '''Fejlesztő környezet (fordító, debugger, profiler)'''
|-
| [http://developer.amd.com/tools-and-sdks/cpu-development/x86-open64-compiler-suite/ AMD fordítók ((opencc, openf90, openf95))] || colspan=2|-||colspan=2|Available||colspan=3|-
|-
| Matematikai könyvtár (AMD) [http://developer.amd.com/tools/cpu-development/amd-core-math-library-acml ACML] ||colspan=2|-||colspan=2|4.2.4||colspan=3|-
|-
| [http://sources.redhat.com/gdb/ GDB] || colspan=2|7|| colspan=2|7.0.1|| colspan=2|7.2||7.5
|-
| [http://gcc.gnu.org/ GNU fordítók (gcc, g++, gfortran)]||4,3||4.1.2 || colspan=2|4.1.2, 4.4.4|| colspan=2|4.4.7|| 4.3.4
|-
| Gprof|| colspan=2|2,2|| colspan=2|2,17|| colspan=2|2.20|| 2.23
|-
| [http://software.intel.com/en-us/articles/intel-composer-xe/ Intel fordítók (icc, ifort)] ||colspan=2|12.1.5 (composerxe-2011 Update 11) ||colspan=2|-|| colspan=3|16.0
|-
| Matematikai könyvtár (Intel): [http://software.intel.com/en-us/articles/intel-math-kernel-library-documentation/ Intel MKL] ||colspan=2|12.1.5 (composerxe-2011 Update 11) ||colspan=2|-|| colspan=3|16.0
|-
| [http://software.intel.com/en-us/articles/intel-mkl-link-line-advisor/ MKL linking] ||colspan=2|12.1.5 (composerxe-2011 Update 11) ||colspan=2|-|| colspan=3|16.0
|-
| [http://oprofile.sourceforge.net/ Oprofile] || colspan=3|- ||0.9.4||colspan=3|-
|-
| colspan=8|'''Párhuzamosításhoz felhasználható függvénykönyvtárak'''
|-
| LAM-MPI ||colspan=2|- ||colspan=2|7.1.2||colspan=3|-
|-
| MPICH2 ||colspan=2|1,4||colspan=2|1,2||colspan=3|-
|-
| [http://openmp.org/ OpenMP]||colspan=2|2.5 (GNU), 3.0 (Intel)||colspan=2|2.5 (GNU), 2.5 (AMD) ||colspan=3|2.5 (GNU), 3.0 (Intel)
|-
| [http://www.open-mpi.org/ OpenMPI] ||1.4.2 ||1.3.2 ||colspan=2|1.4.3 || colspan=2|1.8.5||1.6.3
|-
| [http://www.csm.ornl.gov/pvm/ PVM] ||colspan=4|3.4.5 ||colspan=3|-
|-
| [http://videotorium.hu/hu/recordings/details/12291,Overview_and_usage_of_the_SGI_HPC_softwares_on_the_SGI_ICE_and_SGI_UV_supercomputers SGI Perf. Suite] ||colspan=2|Available||colspan=2|-||colspan=2|-||Available
|-
| SGI-MPI (MPT) ||colspan=2|2,04||colspan=2|-||colspan=2|-||2.12
|-
| PGI Compiler and Tools ||colspan=5|-|| 15.10 || -
|-
| colspan=8|'''Tudományos számításokhoz felhasználható függvénykönyvtárak'''
|-
| Atlas ||colspan=4|3.8.3||colspan=3|-
|-
| BLACS ||colspan=4|1.1 (OpenMPI, MPICH2) ||-||3.1.3||-
|-
| BLAS ||colspan=2|3.2.2 ||colspan=2|3||colspan=2|-||3
|-
| Boost||colspan=2|1,36||colspan=2|1,33||colspan=3|-
|-
| FFTW ||colspan=2|3.1.2 ||colspan=2|3.2.2||colspan=2|-||3.3.3
|-
| Gromacs ||colspan=2|4.5.4 ||colspan=2|4.5.5||colspan=2|-||4.6.2
|-
| GUILE ||colspan=2|1.8.5 ||colspan=2|-||colspan=2|-||1.8.8
|-
| HDF5 ||colspan=2|1.8.7||colspan=2|-||colspan=2|1.8.17||-
|-
| Lapack ||colspan=2|3.2.2 ||colspan=2|3 ||colspan=3|-
|-
| [http://www.maplesoft.com/ Maple] ||colspan=2| - ||colspan=2|18||-||2015||-
|-
| [http://www.niif.hu/node/645 Matlab] ||colspan=2|7.13.0 (R2011b)|| colspan=2|-||-||R2015b||-
|-
| NumPy ||colspan=2|1,3||colspan=2|1.5.1||colspan=2|-||1.7.0
|-
| Octave ||colspan=2|3,4||colspan=2|3.0.5 ||colspan=3|-
|-
| Qt||colspan=2|3.3.8b, 4.6.2||colspan=2|3.3.6 ||colspan=3|-
|-
| R ||colspan=2|2.8.1 ||colspan=2|-||colspan=2|-||3.0.1
|-
| Scalapack||colspan=4|1.7.5||-||2.0.2||-
|-
| Scilab ||colspan=2|5.3.2||colspan=2|-||colspan=3|-
|-
| Sun JRE ||colspan=2|1,6||colspan=2|-||colspan=1|-||1.8||1.7
|-
| Gaussian||colspan=3|09_REV_C.01||-||-||colspan=2|09_REV_D.01
|-
| colspan=8|'''Köztesrétegek'''
|-
| [http://www.nordugrid.org/arc/ ARC grid köztesréteg] ||colspan=7|4.1.0 (A-REX, ARIS, kliensek))
|-
| colspan=8|'''Egyéb szoftverek'''
|-
| Emacs ||colspan=2|22,3||colspan=2|21,4||-||23.1.1||22.3.1
|-
| GNU Plot ||colspan=2|4.2.3 ||colspan=2|4||colspan=3|-
|-
| ImageMagick ||colspan=2|6.4.3 ||colspan=2|6.2.8||colspan=3|-
|-
| [http://www.virtualgl.org/About/TigerVNC Turbo VNC]||colspan=4|1,1||colspan=3|2
|-
| [http://www.blender.org/ Blender]||colspan=3|2,49||-||colspan=2|2.49||-
|-
| [http://www.virtualgl.org/ VirtualGL]||colspan=3|2.3.2||-||colspan=2|2.4||-
|-
| [http://www.paraview.org/ Paraview]||colspan=3|3.14.1||-||colspan=3|3.14.1
|-
| ffmpeg||colspan=2|-||colspan=2|0.4.9||colspan=3|-
|}