Miskolc UV 2000

2022-03-09T03:32:39Z

Kaliczp(AT)nyme.hu: A SLURM leírásban duplán szereplő magas prioritás leírásából az első előfordulás törölve

{| class="wikitable" border="1"
|-
| ccNUMA
| Miskolc
|-
| Típus
| SGI UV 2000
|-
| CPU / node
| 44 × Intel Xeon E5-4627 v2 @ 3.33 GHz
|-
| Compute node-ok
| 1 db
|-
| Max Walltime
| 7-00:00:00
|-
| Max mem / core
| 3750 MB
|}

=== Belépés ===
<pre>
ssh USER@login.miskolc.hpc.niif.hu
</pre>
Nem alapértelmezett kulcs használata esetén a <code>-i KULCS</code> kapcsolóval megadása szükséges (SSH és SCP parancsok).

=== Fájlok másolása SCP-vel ===
Letöltés a HOME könyvtárból és feltöltés a HOME könyvtárba:
<pre>
Fel: scp FILE USER@login.miskolc.hpc.niif.hu:FILE
Le : scp USER@login.miskolc.hpc.niif.hu:FILE FILE
</pre>

=== Adatszinkronizáció ===
Nagyobb fájlok ill. könyvtárstruktúrák szinkronizálásához a következő parancsokat kell használni
<pre>
Fel: rsync -a -e ssh DIRECTORY USER@login.miskolc.hpc.niif.hu:/home/USER
Le : rsync -a -e ssh USER@login.miskolc.hpc.niif.hu:/home/USER/DIRECTORY
</pre>
A törölt fájlok szinkronizálásához a <code>--delete</code> opciót kell megadni.

== Felhasználói felület ==
<pre>
rövid CWD
|
MISKOLC[login] ~ (0)$
| | |
HPC állomás | |
rövid gép név |
előző parancs exit kódja
</pre>

=== Modul környezet ===
Az elérhető modulok listáját a következő paranccsal kapjuk meg:
<pre>
module avail
</pre>
a már betöltött modulok listáját:
<pre>
module list
</pre>
Alkalmazást a következő paranccsal tölthetünk be:
<pre>
module load APP
</pre>
A NIIF által beállított környezeti változókat <code>nce</code> parancs listázza ki.

=== Adatok megosztása projekt tagok számára ===
Fájlok ill. könyvtárak megosztásához ACL-eket kell beállítani. A HOME könyvtárat más felhasználó (OTHER) számára olvashatóvá, így tehetjük
<pre>
setfacl -m u:OTHER:rx $HOME
</pre>
Addott könyvtárat (DIRECTORY) írahtóvá:
<pre>
setfacl -m u:OTHER:rxw $HOME/DIRECTORY
</pre>
A kiterjesztett jogokat a következő paranccsal kérhetjük le:
<pre>
getfacl $HOME/DIRECTORY
</pre>

== Alkalmazások lefordítása ==
Mindenkitől azt kérjük, hogy először próbálja meg saját maga lefordítani az alkalmazását. Ha ez valamilyen oknál fogva mégsem sikerülne, akkor következő lépésként a magyarországi szuperszámítógép felhasználóktól érdemes kérdezni, mert nagy esély van rá hogy mások is belefutottak ugyanabba a problémába. Ezen a címen lehet őket elérni: <code>hpc-forum kukac listserv.niif.hu</code>. Feliratkozni [https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum itt lehet erre] a levelezőlistára. Az archívumban is érdemes utánanézni a kérdésnek. Az NIIF HPC support csak igen korlátozottan képes egyéni fordítási kérésekkel foglalkozni, de problémával felkeresheti a <code>hpc-support kukac niif.hu</code> címet. Az utóbbi esetben pár napos türelmüket mindenképp kérjük válaszunkig.

== SLURM ütemező használata ==
A szuperszámítógépen CPU óra (gépidő) alapú ütemezés működik. A felhasználóhoz tartozó Slurm projektek (Account) állapotáról a következő parancs ad információt:
<pre>
sbalance
</pre>
A második oszlopban (Usage) az egyes felhasználók elhasznált gépideje, a negyedik oszlopban pedig a számla összesített gépideje látható. Az utolsó két oszlop a maximális (Account Limit) és a még elérhető (Available) gépidőről ad tájékoztatást.
<pre>
Scheduler Account Balance
---------- ----------- + ---------------- ----------- + ------------- -----------
User Usage | Account Usage | Account Limit Available (CPU hrs)
---------- ----------- + ---------------- ----------- + ------------- -----------
bob * 7 | foobar 7 | 1,000 993
alice 0 | foobar 7 | 1,000 993
</pre>

=== A gépidő becslése ===
Nagyüzemi (production) futtatások előtt gépidőbecslést érdemes végezni. Ehhez a következő parancs használható:
<pre>
sestimate -c CORES -t WALLTIME
</pre>
ahol a <code>CORES</code> a lefoglalni kívánt core-ok száma, amelynek 8 többszörösének kell lenni. 8 core-hoz 30 GByte memória tartozik. Ha több memóriára van szükségünk, akkor meg kell növelni a core-ok számát. A <code>WALLTIME</code> pedig a futás maximális ideje.

'''Fontos, hogy a lefoglalni kívánt gépidőt a lehető legpontosabban adjuk meg, mivel az ütemező ez alapján is rangsorolja a futtatásra váró feladatokat. Általában igaz, hogy a rövidebb job hamarabb sorra kerül. Érdemes minden futás idejét utólag az <code>sacct</code> paranccsal is ellenőrizni.'''

=== Állapotinformációk ===
Az ütemezőben lévő jobokról az <code>squeue</code>, a klaszter általános állapotáról az <code>sinfo</code> parancs ad tájékoztatást. Minden beküldött jobhoz egy egyedi azonosítószám (JOBID) rendelődik. Ennek ismeretében további információkat kérhetünk. Feladott vagy már futó job jellemzői:
<pre>
scontrol show job JOBID
</pre>

Minden job egy ún. számlázási adatbázisba (accounting) is bekerül. Ebből az adatbázisból visszakereshetők a lefuttatott feladatok jellemzői és erőforrás-felhasználás statisztikái. A részletes statisztikát a következő paranccsal tudjuk megnézni:
<pre>
sacct -l -j JOBID
</pre>

A felhasznált memóriáról a következő parancs ad tájékoztatást:
<pre>
smemory JOBID
</pre>

A lemezhasználatról pedig a
<pre>
sdisk JOBID
</pre>

==== Slurm figyelmeztető üzenetek ====
<pre>
Resources/AssociationResourceLimit - Erőforrásra vár
AssociationJobLimit/QOSJobLimit - Nincs elég CPU idő vagy a maximális CPU szám le van foglalva
Piority - Alacsony prioritás miatt várakozik
</pre>
Az utóbbi esetben, csökkenteni kell a job által lefoglalni kívánt időt.

==== Licenszek ellenőrzése ====
Az elérhető és éppen használt licenszekről a következő parancs ad információt:
<pre>
slicenses
</pre>

==== Karbantartás ellenőrzése ====
A karbantartási időablakban az ütemező nem indít új jobokat, de beküldeni lehet. A karbantartások időpontjairól a következő parancs ad tájékoztatást:
<pre>
sreservations
</pre>

==== Összesített felhasználás ====
Egy hónapra visszamenőleg az elfogyasztott CPU perceket a következő paranccsal kérhetjük le:
<pre>
susage
</pre>

==== Teljes fogyasztás ====
Ha szeretnénk tájékozódni arról, hogy egy bizony idő óta mennyi a CPU idő felhasználásunk akkor azt ezzel paranccsal tudjuk lekérdezni:
<pre>
sreport -t Hours Cluster AccountUtilizationByUser Accounts=ACCOUNT Start=2015-01-01
</pre>

=== Feladatok futtatása ===
Alkalmazások futtatása a szupergépeken kötegelt (batch) üzemmódban lehetséges. Ez azt jelenti, hogy minden futtatáshoz egy job szkriptet kell elkészíteni, amely tartalmazza az igényelt erőforrások leírását és a futtatáshoz szükséges parancsokat. Az ütemező paramétereit (erőforrás igények) a <code>#SBATCH</code> direktívával kell megadni.

==== Kötelező paraméterek ====
A következő paramétereket minden esetben meg kell adni:
<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -A ACCOUNT
#SBATCH --job-name=NAME
#SBATCH --time=TIME
</pre>
ahol az <code>ACCOUNT</code> a terhelendő számla neve (elérhető számláinkről az <code>sbalance</code> parancs ad felvilágosítást), a <code>NAME</code> a job rövid neve, a <code>TIME</code> pedig a maximális walltime idő (<code>DD-HH:MM:SS</code>). A következő időformátumok használhatók:
"minutes", "minutes:seconds", "hours:minutes:seconds", "days-hours", "days-hours:minutes" és "days-hours:minutes:seconds".

==== Job-ok indítása ====
Az egyetlen elfogadott paraméter a szálak száma (`-n`), amelynek 8 többszörösének kell lennie. 8 szálhoz 30 GByte memória tartozik. Ha több memóriára van szükségünk, akkor meg kell növelni a szálak számát. Egy szálú ill. array jobok futtatása nem lehetséges.

A jobok feladását a következő parancs végzi:
<pre>
sbatch slurm.sh
</pre>

Sikeres feladás esetén a következő kimenetet kapjuk:
<pre>
Submitted batch job JOBID
</pre>
ahol a <code>JOBID</code> a feladat egyedi azonosítószáma.

A feladat leállítását a következő parancs végzi:
<pre>
scancel JOBID
</pre>

==== Nem újrainduló jobok ====
Nem újrainduló jobokhoz a következő direktívát kell használni:
<pre>
#SBATCH --no-requeue
</pre>

==== A szolgáltatás minősége (QOS) ====
A szolgáltatást alapértelmezett minősége <code>normal</code>, azaz nem megszakítható a futás. A gépen lévő QOS limitek részletes paramétereit így tudjuk kilistázni:

<pre>
sacctmgr show qos
</pre>

===== Alacsony prioritás =====
Lehetőség van alacsony prioritású jobok feladására is. Az ilyen feladatokat bármilyen normál prioritású job bármikor megszakíthatja, cserébe az elhasznált gépidő fele számlázódik csak. A megszakított jobok automatikusan újraütemeződnek. Fontos, hogy olyan feladatokat indítsunk alacsony prioritással, amelyek kibírják a véletlenszerű megszakításokat, rendszeresen elmentik az állapotukat (checkpoint) és ebből gyorsan újra tudnak indulni.
<pre>
#SBATCH --qos=lowpri
</pre>

===== Magas prioritás =====
A magas prioritású jobok maximum 24 óráig futhatnak, és kétszer gyorsabb időelszámolással rendelkeznek, cserébe az ütemező előreveszi ezeket a feladatokat.
<pre>
#SBATCH --qos=fast
</pre>

==== Tesztelés ====
Teszt job bekuldesehez a --qos=test opciot kell hasznalni a job scriptben. Ebben az esetben maximum 30 percig futhat a job es osszesen 24 szal kerheto.
<pre>
#SBATCH --qos=test
</pre>

==== Email értesítés ====
Levél küldése job állapotának változásakor (elindulás,leállás,hiba):
<pre>
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --mail-user=EMAIL
</pre>
ahol az <code>EMAIL</code> az értesítendő emial cím.

==== OpenMP Példa ====
<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -A barfoo
#SBATCH --job-name=omp
#SBATCH -n 48
#SBATCH --time=03:00:00
#SBATCH -o slurm.out
/opt/nce/bin/numainfo
OMP_NUM_THREADS=$SLURM_NTASKS ./a.out
</pre>

==== SGI MPT MPI Példa ====
<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -A barfoo
#SBATCH --job-name=omp
#SBATCH -n 48
#SBATCH --time=03:00:00
#SBATCH -o slurm.out
/opt/nce/bin/numainfo
mpirun $SLURM_NTASKS ./a.out
</pre>

[[Kategória: HPC]]

Pro-M - Oktatási Üzletág - Wiki - Szerkesztő közreműködései [hu]

Miskolc UV 2000